Školitelé a jejich odborné zaměření

Následující přehled uvádí jména školitelů působících na Fakultě informatiky a stručně vymezuje jejich odborné zaměření. Tato informace může napomoci uchazečům o doktorské studium při specifikaci oblasti odborného zájmu pro studium.

Konzultantem se rozumí osoba, která pomáhá školiteli studenta odborně vést. Ke studiu se ovšem student musí hlásit u školitele.

Je vhodné, aby uchazeč předem konzultoval zamýšlené téma se školitelem. U jednotlivých školitelů níže může být uveden odkaz na stránku, kde naleznete detailnější informace a aktuálně nabízená témata disertace. Po dohodě s některým ze školitelů je možné uvést i oblast odborného zájmu, která není obsažena v níže uvedené nabídce. V případě pochybností, na kterého školitele se obrátit, může uchazeč kontaktovat proděkana pro výzkum, vývoj a doktorské studium.

prof. RNDr. Jiří Barnat, Ph.D.
Nástroje pro automatizovanou formální analýzu a verifikaci rozsáhlých systémů.

Dr. rer. nat. Achim Blumensath
Logic, Algorithmic Model Theory, Automata Theory, Formal Language Theory.
Více informací.

doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA
Vysvětlitelná umělá inteligence v biomedicíně.
Konzultant: RNDr. Vít Musil, Ph.D.

doc. Ing. Pavel Čeleda, Ph.D.
Kyberbezpečnost, počítačová a síťová bezpečnost, síťové situační povědomí, simulační a emulační prostředí, interaktivní výuková prostředí, výukové technologie, výuka kyberbezpečnosti, výuková analytika a dolování výukových dat.

prof. RNDr. Ivana Černá, CSc.
Formální metody specifikace a verifikace výpočetních systémů. Algoritmy a nástroje pro efektivní analýzu, návrh a ověřování vlastností rozsáhlých (souběžných) systémů. Aplikace metod formální verifikace při komponentovém vývoji softwarových systémů. Aplikace metod formální verifikace v systémové biologii. Návrh a analýza algoritmů.
Konzultant: RNDr. Petr Ročkai, Ph.D.

doc. RNDr. Vlastislav Dohnal, Ph.D.
Podobnostní vyhledávací systémy. Zpracování a vyhledávání v databázích komplexních dat. Návrh tradičních indexačních technik a vyhledávacích algoritmů.Využití metod umělé inteligence pro organizaci a indexování dat.
Konzultant: RNDr. Matej Antol, Ph.D.

prof. RNDr. Petr Hliněný, Ph.D.
Kombinatorické a parametrizované algoritmy: parametrizovaná složitost, kombinatorická optimalizace, model checking pro FO a MSO logiku.
Topologická a strukturální teorie grafů: grafové minory, šířkové a hloubkové parametry, třídy řídkých grafů, průsečíkové číslo grafu, kreslení a reprezentace grafů.

doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D.
Vysvětlitelné AI metody v biomedicíně. Trasovatelnost a reprodukovatelnost biomedicínských dat a analýz, provenance v doméně citlivých dat. Zpracování a komprese multimediálních dat. Zpracování citlivých biomedicínských dat a analýza rizik pro ochranu soukromí.

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Zpracování přirozeného jazyka (syntaktická analýza, sémantická analýza, extrakce znalostí), reprezentace a vyvozování znalostí, umělá inteligence, multiagentní systémy.

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
Vizualizace a vizuální analýza pro účely prozkoumávání, analýzy a prezentace dat.
Více informací.
Konzultanti: RNDr. Jan Byška, Ph.D., RNDr. Katarína Furmanová, Ph.D., Mgr. Jiří Chmelík, Ph.D.

prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
Pořizování a analýza digitálních obrazů, automatizace těchto procesů a biomedicínské aplikace s použitím optické mikroskopie. Optimalizace kritických algoritmů s ohledem na kvalitu a/nebo kvantitu výsledků. Simulace formování obrazu v optických soustavách: rozmazání, šum, artefakty a jejich korekce pomocí hardwarových a/nebo softwarových prostředků. Analýza vícerozměrných obrazových dat. Segmentace buněk a jejich částí. Sledování pohybujících se objektů při pozorování živých buněk.

prof. RNDr. Daniel Kráľ, Ph.D., DSc.
Strukturální teorie grafů (zejména barvení grafů), analytické metody v kombinatorice (limity grafů a jejich aplikace v extremální teorii grafů), extremální kombinatorika, algoritmická teorie grafů (algoritmické metavěty, šířkové parametry, aplikace metod matematické logiky) a její aplikace v diskrétní optimalizaci.

Priv.-Doz. Dipl.-Ing. Dr. Simone Kriglstein
Human Computer Interaction, User Interface and Interaction Design, Human Centered Design, Game Design, Games User Research, Games Experience, Game Analytics, Gameplay Visualization, and Esports.
Více informací.
Konzultant: Daniel Ricardo Echeverri Giraldo, PhD

prof. Dr. rer. nat. RNDr. Mgr. Bc. Jan Křetínský, Ph.D.
Formální verifikace a syntéza, ověřování pravděpodobnostních modelů, aplikace strojového učení ve verifikaci, verifikace učících se systémů (např. neuronových sítí), vysvětlitelná umělá inteligence (např. vysvětlitelné kontrolery kyber-fyzických systémů), temporální logiky, teorie automatů.

prof. RNDr. Antonín Kučera, Ph.D.
Formální modelování a verifikace počítačových systémů (model checking, equivalence checking). Modální a temporální logiky a jejich pravděpodobnostní rozšíření. Teorie her a její aplikace v informatice (Markovovy rozhodovací procesy, stochastické hry). Efektivní analýza stochastických systémů a systémů s nekonečně mnoha stavy. Metody, algoritmy a nástroje pro analýzu a verifikaci programů v imperativních jazycích.

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Bioinformatika, analýza sekvencí DNA a genomů, repetitivní sekvence.
Příklady možných témat:
- nástroje a algoritmy pro práci s pan-genomy a/nebo pan-repeatomy,
- simulační modely dynamiky repetic v eukaryotických genomech,
- 3D organizace chromatinu v jádře buněk,
- detekce a kvantifikace rekombinace v repeticích i mimo ně, nebo
- vztahy genotyp-fenotyp v biobankách a dalších veřejně dostupných datech.

doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
Sledování pohybu objektů a profilování chování buněk v biomedicínských datech velkých objemů; analýza vícedimenzionálních biomedicínských dat pomocí hlubokého učení a matematicky dobře založených metod; analýza a syntéza vícedimenzionálních obrazových dat buněk složitého tvaru.

doc. RNDr. Zdeněk Matěj, Ph.D.
Analýza digitálních dat v oblasti detektorů ionizujícího záření; návrh HW architektury pro analýzu dat s využitím metod strojového učení v reálném čase; akcelerace simulačních nástrojů (např. metody MonteCarlo).

doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.
Analýza digitálních obrazů a biomedicínské aplikace s použitím optické mikroskopie. Analýza vícerozměrných obrazových dat. Segmentace obrazu pomocí matematicky dobře založených metod (aktivní křivky a plochy, minimalizace pomocí grafových řezů,...). Sledování pohybujících se objektů při pozorování živých buněk.

doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D.
Analýza vícerozměrných biomedicínských obrazových dat zejména pořízených optickými mikroskopy. Matematická morfologie.

prof. RNDr. Václav Matyáš, M.Sc., Ph.D.
Aplikovaná kryptografie, bezpečnost v informačních technologiích, ochrana informačního soukromí.
Konzultanti: Ing. Mgr. et Mgr. Zdeněk Říha, Ph.D., Mgr. Marek Sýs, Ph.D.,

prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc.
Paralelní a distribuované systémy (Gridy, metapočítače), monitorování a správa Gridů, včetně důsledků pro jejich robustnost a fault toleranci; paralelní a distribuované aplikace.
Vysokorychlostní sítě a jejich přenosové protokoly, multimediální přenosy, včetně využití pro podporu výuky.
Plánování v distribuovaných systémech, založené především na (logickém) programování s omezujícími podmínkami.
Konzultanti: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.

doc. Mgr. Bc. Vít Nováček, PhD
Health informatics, Discovery informatics, Biomedical AI/ML applications, Knowledge graphs, Ontologies, Knowledge representation, Representation (graph) learning, Explainable AI, Interpretable ML, Text mining.
Konzultantka: Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D.

doc. RNDr. Petr Novotný, Ph.D.
Posilované učení (reinforcement learning) s omezeným rizikem. Formální metody pro analýzu programů s pravděpodobnostními instrukcemi. Syntéza kontrolerů pro pravděpodobnostní agenty, stochastické hry na grafech.
Více informací.

doc. Mgr. Jan Obdržálek, PhD.
Logika a algoritmy pro verifikaci. Analýza a verifikace programů. Šířkové/hloubkové parametry grafů a související algoritmické otázky (včetně parametrická složitosti a model checkingu).

doc. RNDr. Radek Ošlejšek, Ph.D.
Sémantika dat a jejich analýza, zejména formou interaktivních vizualizací. Softwarové architektury pro analýzu dat a jejich vizualizace.

doc. Ing. Václav Oujezský, Ph.D.
Moderní síťové technologie, internet věcí (IoT), softwarově definované sítě (SDN), bezdrátové a mobilní komunikační systémy, programovatelné sítě, aplikace umělé inteligence v síťových technologiích, analýza síťového provozu a bezpečnost sítí.

doc. Mgr. Radek Pelánek, Ph.D.
Inteligentní výukové systémy, adaptabilní procvičování, doporučující systémy s aplikacemi ve výuce, automatizované metody pro podporu výuky programování.
Více informací.

prof. RNDr. Tomáš Pitner, Ph.D.
Systémy pro monitoring, inteligentní budovy a sítě, rozsáhlé softwarové architektury, přístup orientovaný na člověka v elektronické podpoře výuky.
Konzultanti: doc. RNDr. Radek Ošlejšek, Ph.D., doc. Bruno Rossi, PhD

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Konstrukce a architektura číslicových systémů. Spolehlivost a diagnostika číslicových systémů. Systémy odolné poruchám. Vestavné systémy. Výcvikové systémy.
Konzultant:doc. RNDr. Zdeněk Matěj, Ph.D.

doc. Mgr. Hana Rudová, Ph.D.
Směrování a logistika, směrování vozidel, plánování skladů. Rozvrhování, plánování, sestavování rozvrhů, plánování v distribuovaných prostředích. Prohledávání a metaheuristiky, programování s omezujícími podmínkami, celočíselné lineární programování.

doc. Mgr. Pavel Rychlý, Ph.D.
Zpracování textu, zpracování přirozeného jazyka, extrakce informací, velká data, strojový překlad, jazykové modelování
Konzultanti: RNDr. Miloš Jakubíček, Ph.D., RNDr. Vojtěch Kovář, Ph.D.

doc. RNDr. Vojtěch Řehák, Ph.D.
Formální modely pravděpodobnostních systémů a jejich algoritmická analýza. Agentní systémy s prvky randomizovaného chování. Teorie her a její aplikace v informatice (Markovovy rozhodovací procesy, stochastické hry).

doc. RNDr. Jan Sedmidubský, Ph.D.
Modelování podobnosti s využitím hlubokých neuronových sítí s hlavním důrazem na doménu časoprostorových dat lidského pohybu (tzv. motion capture data). Rozpoznávání akcí, detekce událostí a vysvětlitelnost v doméně časoprostorových dat lidského pohybu. Obecné indexační algoritmy pro podobnostní vyhledávání v různých aplikačních doménách.

doc. RNDr. Petr Sojka, Ph.D.
Strojové učení reprezentace slov a textů, zpracování přirozeného jazyka, klasifikace [matematických] textů. Získávání znalostí a textové korpusy, digitální knihovny, digitalizace, rozpoznávání (OCR) a indexace textů včetně matematických. Digitální typografie, elektronické publikování, vizualizace.

prof. RNDr. Jan Strejček, Ph.D.
Automatická analýza a verifikace programů. Automaty nad nekonečnými i konečnými slovy. SMT solving (zejména pro teorii bitvektorů).

doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.
Zpracování obrazu v biomedicíně: augmentace obrazu, syntéza obrazu, generativní modelování, simulace časosběrných obrazových sekvencí živých buněk, kontrola věrohodnosti syntetických obrazových dat, manipulace s daty vyšší dimenze.

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Vývoj výpočetních metod pro specifikaci a analýzu modelů komplexních systémů. Modelování signálních, metabolických a genetických regulačních sítí. Algoritmy pro monitoring a řízení komplexních dynamických procesů.

prof. PhDr. David Šmahel, Ph.D.
Interakce člověka a počítače (Human Computer Interaction - HCI), bezpečnost z pohledu uživatelů, sociální informatika, zkušenosti uživatelů s technologiemi (User Experience - UX), rizika používání intechnologií (online závislosti, agresivita online), digitální technologie a well-being.

doc. RNDr. Petr Švenda, Ph.D.
Aplikovaná kryptografie. Analýza bezpečnosti kryptografických čipových karet. Protokoly pro bezpečné vícestranné počítání v omezených prostředích. Bezpečnost kryptoměnových peněženek.
Konzultant: Lukasz Michal Chmielewski, PhD,

prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D.
Statická a dynamická analýza, verifikace a testování programů. Formální analýza a verifikace především softwaru, ale také kyberfyzikálních systémů a hardwaru. Statická analýza v překladači. Efektivní techniky práce s automaty a logikami především při verifikaci, ale i v dalších aplikacích (vyhledávání, návrhu, optimalizaci). Součástí je obvykle jak teorie, tak i implementace a experimenty. Může probíhat ve spolupráci s průmyslem.

doc. RNDr. Jan Vykopal, Ph.D.
Výuka kyberbezpečnosti, interaktivní výuková prostředí, výuková analytika a dolování výukových dat.

prof. Ing. Pavel Zezula, CSc.
Databázové systémy, ukládací a vyhledávací struktury, multimediální a XML data, distribuované indexování, podobnostní hledání, vyhodnocování efektivnosti.
Více informací.
Konzultanti: RNDr. Michal Batko, Ph.D., RNDr. Vladimír Míč, Ph.D.

prof. RNDr. Jiří Zlatuška, CSc.
Elektronické publikování. Informační společnost.
Konzultant: Ing. Leonard Walletzký, Ph.D.