Laboratoř systémové biologie (SYBILA)
Kontakt: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Stránky laboratoře: sybila.fi.muni.cz
K pochopení chování buňky a jiných živých systémů je nezbytné zkoumat dynamiku součinnosti jejích vnitřních komponent. Systémová biologie je moderní přístup k porozumění a predikci vlastností a principů živé hmoty opřený o přesná bioinformatická data týkající se těchto komponent a jejich vztahů. Jedná se o mezioborovou problematiku, v níž hraje nepostradatelnou roli aplikace informatických metod a systémového myšlení, často se používá modelování a simulace.
Hlavním cílem digitální systémové biologie je objevovat dosud neznámé vlastnosti živé hmoty s využitím moderních metod a techniky informatiky. V prostředí tradiční experimentální laboratoře je prakticky možné ověřovat pouze již známé hypotézy. Důvodem jsou omezené možnosti měření, nákladné přístroje a média, doba přípravy a trvání experimentů. Proto jsou v systémové biologii používány počítačové modely živého organismu, na nichž je možné provádět experimenty bez těchto praktických omezení. Na bázi výpočetních nástrojů tak vzniká virtuální digitální laboratoř, která je určitou paralelou laboratoře experimentální. Na základě výsledků zjištěných prostřednictvím simulací a analýzy ve virtuální laboratoři lze potom vybírat vhodné živé experimenty, které prokáží reálnou platnost modelových hypotéz.
Hlavní výzkumné priority
Naším hlavním dlouhodobým cílem je vyvinout výpočetní metody a techniky pro automatizovanou analýzu komplexních biologických systémů s cílem zlepšit naše porozumění buněčným mechanizmům, které dávají vzniku života. Tyto metody jsou založeny na využití principů, používaných pro analýzu informačních systémů, jako např. formální metody verifikace. Současně usilujeme o vytvoření sady nástrojů (programů), které tyto metody podporují, a o jejich integraci do "digitální laboratoře pro systémovou biologii".
Výzkumný tým
Výzkum v oblasti digitální systémové biologie je realizován v Laboratoři systémové biologie - SYBILA. Zde je možné nalézt podrobné informace o dalších výzkumných aktivitách, seminářích, složení výzkumného týmu, ap.
