Centrum analýzy biomedicínského obrazu (CBIA)
Kontakt: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
Stránky laboratoře: cbia.fi.muni.cz
Centrum analýzy biomedicínského obrazu (Centre for Biomedical Image Analysis, CBIA) je interdisciplinární pracoviště zabývající se výzkumem, výukou a poskytováním služeb v oblasti automatizované analýzy obrazu, s aplikacemi zejména v biologii a medicíně. Zaměřuje se na vývoj a vyhodnocování algoritmů pro analýzu a syntézu biomedicínských obrazových dat, stejně jako na využití počítačových metod pro optimalizaci a automatizaci procesu pořizování obrazu.
Výzkumu se CBIA věnuje v úzké spolupráci s odborníky z oblastí biologie a medicíny. Hlavními aplikačními oblastmi jsou prevence, diagnostika a terapie v onkologii, přičemž cílem je popsat časoprostorové chování nádorových buněk a tkání za různých podmínek. Za tímto účelem vyvíjíme spolehlivé, ideálně automatizované algoritmy pro detekci, segmentaci, klasifikaci, sledování a kvantifikaci, obvykle za pomoci přístupů kombinujících strojové učení a klasické metody analýzy obrazu. Pro účely vyhodnocování se zaměřujeme na výzkum kvality dat a anotací, techniky augmentace dat a také metriky a srovnávací strategie pro hodnocení výkonu algoritmů.
CBIA koordinuje národní Centrum umělé inteligence v onkologii (Centre of AI in Oncology) a úzce spolupracuje s dalšími relevantními skupinami, převážně v rámci Evropy, v projektech celoevropské výzkumné infrastruktury, jako jsou Euro-BioImaging (na národní úrovni pak Czech-BioImaging) nebo TEF-Health. CBIA rovněž spoluorganizuje Cell Tracking Challenge, představující široce uznávaný mezinárodní benchmark pro objektivní srovnávání algoritmů pro segmentaci a sledování buněk (publikováno v časopise Nature Methods v letech 2017 a 2023).
