Centrum analýzy biomedicínského obrazu (CBIA)

Kontakt: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Centrum analýzy biomedicínského obrazu (CBIA) je zavedené mezioborové výzkumné pracoviště, které se primárně věnuje vývoji a benchmarkingu algoritmů pro analýzu a syntézu obrazových dat v mikroskopii buněk, ale sekundárně také analýze biomedicínských obrazových dat u jiných zobrazovacích metod a také využití počítačů při optimalizaci a automatizaci snímacího procesu.

CBIA sdružuje odborníky v oblasti informatiky, matematiky a fyziky, ale také biologie a medicíny, kteří provádějí komplementární výzkum na buňkách s využitím vyvinutých metod snímání a analýzy obrazu. Konečným cílem je popsat časoprostorové chování buněk a jeho změny během vzniku rakoviny, což je klíčové pro diagnostiku a léčbu. Naše hlavní dílčí cíle proto spočívají ve vývoji spolehlivých a ideálně automatických algoritmů pro segmentaci, kvantifikaci a sledování buněk, které pro změnu vyžadují rigorózní přístupy k jejich benchmarkingu s využitím referenčních souborů dat se známou správnou odpovědí (takzvanou ground truth), což nakonec vede k vývoji metod simulace buněk produkujících digitální fantomy buněk společně s jejich virtuálními mikroskopickými obrazy.

Abychom si poradili se všemi těmito úkoly, spolupracuje CBIA úzce s jinými relevantními skupinami napříč Evropou v rámci evropských infrastrukturních výzkumných projektů jako ESFRI Euro-BioImaging (na národní úrovni Czech-BioImaging) nebo COST NEUBIAS. V nedávné době spoluorganizovalo CBIA soutěž Cell Tracking Challenge, která zavedla široce uznávaný mezinárodní benchmark pro segmentaci a sledování buněk publikovaný v prestižním časopise Nature Methods (12/2017).

Všechny výzkumné skupiny