Bioinformatika

Garant: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.

Obor je určen pro studenty, kteří chtějí získat vedle všeobecných poznatků z informatiky i nejnovější znalosti v dynamicky se rozvíjejících oborech bioinformatika a výpočetní systémová biologie. Absolvent oboru tak bude připraven pro praktickou či výzkumnou práci v tandemu informatik-biolog. Uplatní se v pozicích vyžadujících kooperaci mezi týmy odborníků z těchto dvou oblastí. V rámci oboru je možná specializace vhodnou volbou povinně volitelných předmětů. Je možné se zaměřit buď na zpracování, ukládání a analýzu genomických a proteomických dat nebo na využití formálních metod pro analýzu a predikci chování biologických systémů.

Požadavky

  • Získat nejméně 120 kreditů za celou dobu studia.
  • Absolvovat všechny povinné předměty oboru nejvyšší formou ukončení.
  • Získat 20 kreditů za předmět SDIPR a obhájit diplomovou práci (viz pokyny).
  • Získat alespoň 15 kreditů z předmětů v jedné ze skupin "Analýza sekvencí", "Systémová biologie".

Povinné a povinně volitelné předměty

  • PA102 Technologie informačních systémů I (2+2 kr.)
  • PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
  • PA105 Technologie informačních systémů II (2+2 kr.)
  • PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
  • PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (20 kr.)
  • SOBHA Obhajoba závěrečné práce (0 kr.)
  • SZMGR Státní zkouška (magisterský studijní program) (0 kr.)
  • alespoň 3 z:
    • MA002 Matematická analýza III (3+2 kr.)
    • MA007 Matematická logika (3+2 kr.)
    • MA010 Graph Theory (3+2 kr.)
    • MB008 Algebra I (2+2 kr.)
    • MA009 Algebra II (2+2 kr.)
    • MV011 Statistika I (4+2 kr.)
    • MA012 Statistika II (4+2 kr.)
    • MA015 Grafové algoritmy (3+2 kr.)
    • PřF:M2110 Lineární algebra a geometrie II (4+2 kr.)
    • PřF:M7130 Geometrické algoritmy (2+2 kr.)
    • PřF:M7190 Teorie her (3+2 kr.)
    • PřF:M4155 Teorie množin (2+2 kr.)
    • PřF:M4180 Numerické metody I (4+2 kr.)
    • PřF:M9100 Numerické metody řešení obyčejných diferenciálních rovnic (3+2 kr.)
    • PřF:M5110 Okruhy a moduly (3+2 kr.)
    • PřF:M7150 Teorie kategorií (2+2 kr.)
  • alespoň 3 z:
    • IB108 Algoritmy a datové struktury II (3+2 kr.)
    • IA006 Vybrané kapitoly z teorie automatů (3+2 kr.)
    • IA008 Computational Logic (4+2 kr.)
    • IA011 Sémantiky programovacích jazyků (3+2 kr.)
    • IA012 Složitost (2+2 kr.)
    • IA014 Funkcionální programování (3+2 kr.)
    • IA023 Petriho sítě (2+2 kr.)
    • IA038 Typy a důkazy (3+2 kr.)
    • IA039 Architektura superpočítačů a intenzivní výpočty (2+2 kr.)
    • IA046 Vyčíslitelnost (2+2 kr.)
    • IA062 Randomized Algorithms and Computations (3+2 kr.)
    • IA101 Algoritmika pro těžké problémy (2+2 kr.)
    • IA157 Logická analýza přirozeného jazyka II (2+2 kr.)
  • IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
  • PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
  • PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
  • PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
  • PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
  • volba Analýza molekulárních dat:
    • IV106 Bionformatics seminar (1+1 kr.)
    • IV110 Projekt z bioinformatiky I (2+1 kr.)
    • PřF:C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I (1+2 kr.)
    • PřF:C7920 Struktura a funkce proteinů (2+2 kr.)
    • PřF:C4660 Základy fyzikální chemie (2+2 kr.)
    • PA010 Počítačová grafika (2+2 kr.)
    • PA128 Similarity Searching in Multimedia Data (2+2 kr.)
  • volba Systémová biologie:
    • PA183 Projekt ze systémové biologie (2+2 kr.)
    • PB172 Seminář ze systémové biologie (2+1 kr.)
    • PV205 Seminář o komplexních systémech (2+1 kr.)
    • PV225 Laboratoř systémové biologie (3+1 kr.)
    • IV120 Spojité a hybridní systémy (3+2 kr.)
    • IA159 Formal Verification Methods (2+2 kr.)
    • PV027 Optimalizace (3+2 kr.)

Doporučený průchod studiem

Analýza molekulárních dat

1. semestr

  • PA102 Technologie informačních systémů I (2+2 kr.)
  • PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
  • IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
  • PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
  • PřF:C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I (1+2 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)

2. semestr

  • PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
  • PA105 Technologie informačních systémů II (2+2 kr.)
  • PřF:C4660 Základy fyzikální chemie (2+2 kr.)
  • PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)

3. semestr

  • PA010 Počítačová grafika (2+2 kr.)
  • IV110 Projekt z bioinformatiky I (2+1 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)

4. semestr

  • PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
  • PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
  • PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)

Systémová biologie

1. semestr

  • PA102 Technologie informačních systémů I (2+2 kr.)
  • PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
  • IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
  • PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
  • PV205 Seminář o komplexních systémech (2+1 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)

2. semestr

  • PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
  • PA105 Technologie informačních systémů II (2+2 kr.)
  • IV120 Spojité a hybridní systémy (3+2 kr.)
  • PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)

3. semestr

  • PV225 Laboratoř systémové biologie (3+1 kr.)
  • PA183 Projekt ze systémové biologie (2+2 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)

4. semestr

  • PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
  • PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
  • PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)