Obhajoby tezí disertační práce v roce 2007
Mgr. Silvie Luisa Brázdilová
| Název: | Application of genetic programming in automated autofocusing |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D. |
| Oponenti: | doc. Ing. Jiří Lažanský, CSc. (FE ČVUT) doc. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (FIT VUT) |
| Datum obhajoby: | 14. června 2007 |
Záměr disertační práce:
Teze disertační práce se věnují ......
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Ondřej Krajíček
| Název: | Grid Infrastructure Monitoring on the Service Oriented Computational Grids |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Luděk Matyska, CSc. |
| Oponenti: | prof. Peter Kacsuk, (MTA SZTAKI Budapest) doc. Ing. Petr Tůma, Dr. (KSI MFF UK) |
| Datum obhajoby: | 14. června 2007 |
Záměr disertační práce:
Cílem navržené dizertační práce je studium gridů orientovaných na služby s důrazem na monitorování těchto gridů. Základním standardem, který popisuje
tento druh gridu je OGSA. Prvním úkolem práce je tedy definovat vhodné
rozšíření tohoto standardů o prvky monitorování tak, aby bylo možno aplikovat
koncepty grid monitoringu. Následně je třeba definovat rozšíření standardích
systému pro monitoring o prvky služeb tak, aby bylo možné služby do těchto
systémů začlenit. Práce se bude věnovat návrhu popsaných rozšíření pro
architekturu C-GMA, vč. návrhu distribuovaného mediátoru tak, aby bylo možné
výsledné postupy aplikovat v prostředí masivně-heterogenních gridů s velkým
rozsahem.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Miloš Liška
| Název: | Collaborative User-empowered Grid Infrastructure Orchestration |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Luděk Matyska, CSc. |
| Oponenti: | doc. Ing. Jan Janeček, (FE ČVUT Praha) dr. Ian Taylor, (School of CS Cardiff, UK) |
| Datum obhajoby: | 14. června 2007 |
Záměr disertační práce:
Těmito tezemi předkládáme dizertační práci věnovanou kolaborativní uživatelské konfiguraci gridové infrastruktury pro potřeby koncových uživatelských aplikací. Tradiční výpočetní a datové gridy mohou konfigurovat pouze jejich administrátoři a podporují pouze aplikace, které jsou přizpůsobené gridovému prostředí. Zvláště s nasazením optických sítí a optických okruhů v gridovém prostředí je nutné rekonfigurovat optickou síť; a její komponenty pro specifické potřeby uživatelských aplikací. Rekonfigurace se týká fyzických optických okruhů, přepínačů, strojů a v neposlední řadě i samotných aplikací a jejich parametrů. Tradiční postup vyžaduje koordinaci uživatelů a všech síťových (a gridových) administrátorů, kteří jsou obvykle zodpovědní jen za malou část celé infrastruktury, pomocí elektronické pošty, telefonů a případně videokonferencí. Je přirozené, že obtížnost koordinace všech zúčastněných uživatelů a administrátorů velmi rychle vzrůstá s jejich počtem a velikostí konfigurované gridové infrastruktury.
Není možné povolit uživatelům přímo konfigurovat gridovou infrastrukturu. Avšak gridovou infrastrukturu lze virtualizovat a umožnit uživateli konfigurovat jeho vlastní virtuální gridovou infrastrukturu pro potřeby jeho aplikací. Virtualizace síťové/gridové infrastruktury představuje složitý problém, neboť musíme zvážit, co jsou vhodné virtuální stavební prvky, jak odpovídají vlastní dostupné fyzické infrastruktuře, jak jsou na ni mapovány a podobně. Související problém je jak vhodně nabídnout prvky virtuální infrastruktury uživatelům, tj.~jak s ní povolíme uživatelům nakládat. Navíc je nutné se vypořádat s problémem plánování, pokud se má více virtuálních infrastruktur naplánovaných různými uživateli naráz namapovat na fyzickou infrastrukturu (včetně řešení případných konfliktů).
Konfigurace virtuální infrastruktury by měla zahrnovat konfiguraci každé její komponenty a také jejich koordinaci. Tyto komponenty a jejich koordinaci navrhujeme reprezentovat pomocí workflow. Úkolem workflow je pomoci uživatelům řídit proces konfigurace gridové infrastruktury a jejich aplikací a konečně úspěšné nasazení aplikace v gridovém prostředí.
Prostudujeme problém virtualizace gridové infrastruktury a jejího zprovoznění uživatelům. Nalezené řešení nebo architekturu použijeme pro zapouzdření virtuálních gridových komponent do gridových služeb a tím naplníme uživatelský přístup ke konfiguraci gridové infrastruktury. Gridové služby a jednotlivé uživatelské konfigurace gridové infrastruktury budou vzájemně izolované, avšak budou sdílet společnou fyzickou infrastrukturu.
Každý uživatel je obecně schopen konfigurovat pouze virtuální gridovou
infrastrukturu, kterou vlastní uživatelova organizace. Konfigurace rozlehlé
virtuální infrastruktury, která se rozléhá mezi různými organizacemi, vyžaduje
spolupráci uživatelů. Proto je nutné prostředí, které dovoluje spolupracovat nad
návrhem, modifikacemi a nasazením workflow v gridovém prostředí. Součástí
dizertační práce bude návrh architektury takového prostředí pro spolupráci.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Marek Kašík
| Název: | Digital image restoration approaches to deconvolution images from fluorescence microscopy |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D. |
| Oponenti: | doc. Ing. Jiří Sochor, CSc. (FI MU) doc. Dr. Ing. Pavel Zemčík (FIT VUT Brno) |
| Datum obhajoby: | 31. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Rekonstrukční metody jsou intenzivně využívány při předzpracování obrazu z fluorescenční mikroskopie. Abychom mohli provést dekonvoluci, tak potřebujeme správnou rozptylovou funkci. Obecně se používá pozičně nezávislá, což může vést k chybným výsledkům, protože ve skutečnosti je tato funkce pozičně závislá.
Disertační práce bude zaměřena na rekonstrukci obrazu rozmazaného pozičně závislou rozptylovou funkcí. V této práci se také budu věnovat problému extrakce pozičně závislé PSF. Výsledky rekonstrukce budou porovnány s vybranými metodami. Vyvinuté metody budou implementovány pro běžné použití biology.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Petr Krontorád
| Název: | Microarrays image processing |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D. |
| Oponenti: | Dr. Ing. Jan Kybic (FEL ČVUT) doc. RNDr. Pavel Smrž (FIT VUT Brno) |
| Datum obhajoby: | 31. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Technologie microarrays hraje v post genomové éře velmi důležitou roli. Umožňuje vědcům sledovat paralelně chování i stovek tisíc genových sekvencí za různých podmínek. Veškerá měření prováděná touto technologií projdou nejprve fází analýzy obrazu. Proto je tato fáze kritická. Jakákoliv chyba se později může projevit v mylném biologickém závěru. V této oblasti je v současné době nejžhavějším tématem sjednocování používaných postupů. Práce s některými druhy vzorků je velmi nákladná nebo možnost jejich získání je velmi omezená. Proto je velmi výhodné, když se data získaná různými pracovišti mohou doplňovat. Toto je možné pouze pokud použité postupy datové analýzy jsou vzájemně kompatibilní. Analýza obrazu slouží jako zdroj numerických hodnot, proto je sjednocení postupů nutnou podmínkou k vzájemné kompatibilitě naměřených dat.
Cíl této práce je vytvořit nové, popřípadě vylepšit existující metody analýzy obrazů pořízených technologií microarrays. Práce staví na základech diplomové práce, díky které se velké množství metod vyzkoušelo v praxi a některé z nich se staly běžně používanými. I díky nim se podařilo publikovat biologické studie ve významných časopisech. Právě běžně používané metody budou rozebrány po teoretické stránce a jejich funkčnost bude detailně diskutována. Veškeré přístupy zmíněné v této práci budou i nadále testovány na reálných datech produkovaných v CBIA a několika dalšími laboratořemi. Díky teoretickému popisu metod tak vznikne robustní přístup, který usnadní onkologický výzkum využívající microarrays.Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Pavel Šimeček
| Název: | Efficient Computing Resources Usage in Model Checking |
|---|---|
| Školitel: | prof. RNDr. Luboš Brim, CSc. |
| Oponenti: | Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (FIT VUT Brno) dr. Michael Weber (CWI Amsterdam) |
| Datum obhajoby: | 31. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Ačkoliv existuje řada efektivních algoritmů pro model
checking, zůstává skryto, že jejich implementace často plýtvají výpočetní
silou: Distribuované algoritmy pro model checking neřeší nevyváženost
rozdělení stavového prostoru a zátěže procesoru. Model checkery nevyužívají
pevné disky, i když jejich kapacita je řádově větší než velikost hlavní
paměti. Navíc nástoje pro model checking obsahují spoustu voleb, které mohou
podstatně ovlivnit efektivnost verifikačního procesu and není žádná metoda,
jak automaticky rozhodnout, které volby by měly být zapnuté při verifikaci
daného systému. Vidíme možnost zefektivnit verifikaci integrací load
balacingu, využitím pevných disků a přidáním automatických metod odhadujících
charakteristiky stavových prostorů, které jsou potřebné k výběru vhodného
verifikačního algoritmu a výpočetní techniky, kde poběží. Tato disertační
práce si dává za cíl navrhnout techniky pro efektivní využití výpočetních
prostředků popsaným způsobem a zkombinovat tyto techniky s existujícími
algoritmy pro model checking.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Ing. Vladimír Benko
| Název: | Reprezentácia lexikálnych dát |
|---|---|
| Školitel: | doc. PhDr. Karel Pala, CSc. |
| Oponenti: | prof. PhDr. František Čermák, DrSc. (FF UK Praha) doc. RNDr. Vladimír Petkevič, CSc. (FF UK Praha) |
| Datum obhajoby: | 28. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Teze disertační práce se věnují ......
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Petr Klika
| Název: | Softwarový asistent pro podporu léčebných procesů |
|---|---|
| Školitel: | RNDr. Zdenko Staníček, Ph.D. |
| Oponenti: | doc. RNDr. Ladislav Dušek, Dr. (PřF MU) prof. RNDr. Jaroslav Král, DrSc. (FI MU) |
| Datum obhajoby: | 28. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Teze disertační práce se věnují ......
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Václav Němčík
| Název: | Anaphora Resolution for Czech |
|---|---|
| Školitel: | doc. PhDr. Karel Pala, CSc. |
| Oponenti: | Mgr. Mojmír Dočekal, Ph.D. (FF MU) prof. PhDr. Eva Hajičová, DrSc. (MFF UK Praha) |
| Datum obhajoby: | 28. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Hlavním cílem mé disertace je dospět k úspěšnému systému pro
analýzu českých anafor. V současné době je interpretace
anafor jedním z nejobtížnějších problémů počítačové
lingvistiky a každá snaha o jeho řešení otevírá celou řadu
zajímavých problémů. Já jsem se rozhodl soustředit se ve
své práci zejména na posouzení využitelnosti různých
jazykových dat a nástrojů ke zvýšení úspěšnosti analýzy
anafor. Mým cílem je také prozkoumat souvislost anaforického
odkazování a koherenčních vztahů v rámci souvětí a nalézt
vhodný způsob, jak tento jev využít k dalšímu zlepšení
výsledků.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Lukáš Boháč
| Název: | Equivalence and Classiffication of Programmable Quantum Processors |
|---|---|
| Školitel: | prof. RNDr. Jozef Gruska, DrSc. |
| Oponenti: | dr. Mark Hillery Mgr. Mário Ziman, Ph.D. (FI MU) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Kvantové zpracování informace se stalo v poslední době důležitou oblastí
informatiky. Zvláštní zákony mikroskopického kvantového světa mohou být
využity k urychlení výpočtů nebo k bezpečnějším kryptografickým schématům.
Jádrem kvantového počítače by mohl být programovatelný kvantový procesor.
V současnosti experimentátoři sestavují pro každou úlohu speciální
soustavu zařízení, kterou řídí pomocí klasických parametrů. Naproti tomu,
programovatelný kvantový procesor je neměnné zařízení umožňující kvantovou
programovatelnost, tj. je programovatelné pomocí stavu kvantového systému.
Pro základní deterministický model neexistuje univerzální procesor. Byly
navrženy další typy programovatelných procesorů: pravděpodobnostní a
aproximační, pro které univerzální procesor lze nalézt.
Hlavním cílem disertace je definovat pojem ekvivalence procesorů pro tyto
typy programovatelných procesorů a zároveň stanovit ekvivalenční podmínky.
Dalším cílem je studium vlastností programovatelných procesorů (jako např.
kovariance) a rozšíření klasifikace procesorů podle implementovatelných operací.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. David Hájíček
| Název: | Long-term Data Archiving |
|---|---|
| Školitel: | doc. Ing. Jan Staudek, CSc. |
| Oponenti: | Ing. Ondřej Felix, CSc. (SPIS Praha) doc. RNDr. Václav Matyáš, M.Sc., Ph.D. (FI MU) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Uchovávání data, obzvláště potom dlouhodobé uchovávání, je jedním z nejpalčivějších témat současnosti v oblasti IT, ačkoliv zdaleka není tématem z nejnovějších. Práce představuje hlavní aktivity na poli dlouhodobého uchovávání dat. Popisuje aktuální stav poznání této problematiky, shrnuje základní přístupy, aktivity a obsahuje přehled pracovních skupin a organizací v ní působících.
Práce hodnotí různé přístupy, diskutuje jejich složitost a vhodnost pro dlouhodobé uchávávní. Definuje rovněž směr, kterým se autor hodlá na poli dlouhodobého uchávání dat vydat.
Autor definuje hlavní požadavky na dlouhodobá úložiště dat, uvádí přehled hlavních omezení a připravuje základnu pro budoucí práci (víceúrovňovou architekturu).
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Ladislav Kašpárek
| Název: | Literate Programming na střední škole |
|---|---|
| Školitel: | prof. RNDr. Jozef Gruska, DrSc |
| Oponenti: | prof. RNDr. Ivan Kalaš, Ph.D. (KZVI FMFI UK) doc. RNDr. Pavel Töpfer, CSc. (MFF UK Praha) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Teze disertační práce se věnují ......
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Martin Kuba
| Název: | Knowledge Sharing Grid with Semantically Assisted Matchmaking of Services |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Luděk Matyska, CSc. |
| Oponenti: | prof. RNDr. Jaroslav Král, DrSc. (FI MU) RNDr. Tomáš Skopal, Ph.D. (KSI MFF UK Praha) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Grid se svými výzvami v oblasti interoperability, nezávislosti
na platformě a škálovatelnosti ve směru správních sfér potřebuje
být založen na Službově Orientované Architektuře, s popisy
rozhraní založenými ne na typech z programovacích jazyků, ale na formátech zpráv,
a komunikací používající široce akceptované protokoly a formáty.
Stroje by mohly lépe pomáhat lidem při nalézání vhodných služeb,
pokud by jim byly poskytnuty sémantické popisy, tedy formální
strojově zpracovatelné popisy založené na konceptualizacích
reálného světa, které by pak byly použity k usuzování.
Zatím byly sémantické popisy založeny na predikátové logice prvního
řádu, a protože výběr reprezentace znalostí určuje zároveň i typ
usuzování, které lze provést, aplikovatelnost na zdroje z reálného světa
byla omezená. Existují logiky s vyšší vyjadřovací silou než
predikátová logika prvního řádu. Jedna zvláště zajímavá je
transparentní intenzionální logika, protože její zápis je blízký
přirozeným jazykům, její sémantika není založena na teorii množin,
ale na strukturovaných významech, které jsou procedurami, a objekty
libovolného řádu mohou být nejen užity, ale i zmíněny. Má schopnosti
vyjadřovat výrokové postoje, prázdné koncepty a rozdíl
mezi analytickými a empirickými koncepty. Tyto možnosti
jsou mimo vyjadřovací sílu predikátové logiky prvního řádu.
Cílem tezí disertační práce je ověřovací implementace gridové infrastruktury,
která svým uživatelům bude pomáhat s nalézáním gridových služeb pomocí
využívání sémantických popisů založených na jiných přístupech než je logika
prvního řádu, nejspíše na transparentní intenzionální logice.
Předpokladem je, že gridové služby spravované touto gridovou infrastrukturou
budou poskytovat důmyslné způsoby zpracování dat, tedy budou tvořit
jistý druh znalostního gridu, jenž nabízí způsoby zpracování dat,
o nichž uživatelé nevěli, dokud je pomocí tohoto gridu neobjevili.
Pro daný cíl zpracování dat zadaný uživatelem, sémantické popisy
služeb budou použity během nalézání vhodné služby, nebo při
sestavování workflow ze služeb, pokud nebude možné nalézt jedinou službu
poskytující požadované zpracování. Dále, kvůli záležitostem ochrany dat,
infrastruktura umožní přesunovat slyžby do kontrolovaného prostředí
uvnitř instituce vlastnící data.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Igor Peterlík
| Název: | Haptic Interaction with Deformable Objects |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Luděk Matyska, CSc. |
| Oponenti: | prof. Ing. Václav Hlaváč, CSc. (FE ČVUT) doc. Ing. Jiří Sochor, CSc. (FI MU) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
V predkládáných tezích uvádíme plán našeho výzkumu v oblasti haptické interakce s deformovatelnými
objekty spolu s predbežnými výsledky.
Cílem naší práce je, aby model pusobil realisticky, a proto je založen na fyzikálním modelování,
konkrétne na nelineárních rovnicích z teorie pružnosti. Na výsledné parciální diferenciální rovnice
je aplikována metoda konecných prvku, což vede na rešení rozsáhlých systému nelineárních rovnic.
Dalším cílem naší práce je realistické chování haptické interakce, což znamená vysokou obnovovací
frekvenci simulacní smycky (víc než 1 kHz). Náš výzkum se proto zabývá zpusobem, jak
skloubit nárocné výpocty nelineárního modelu s požadavky kladené haptickou interakcí.
Jelikož nelineární systém nemuže být sestaven a vyrešen v každém kroku haptické smycky,
navrhli jsme algoritmus predpocítání stavového prostoru samotné interakce. Uvádíme dve možnosti:
v prvním prípade je pred zacátkem interakce spocten celý (diskrétní) stavový prostor a behem
interakce se aktuální deformace spocítá pomocí interpolace predpocítaných dat. V druhém prípade
predpocítání probíhá prímo behem interakce tak, že v predstihu se spocítá malá cást stavového
prostoru pro možné pohyby haptického zarízení v následujících okamžicích. Aktuální deformace se
pak opet spocte interpolací techto predpocítaných dat.
V tezích prinášíme diskusi obou prístupu k predpocítání a uvádíme další podrobnosti. Také se
krátce zabýváme paralelizací algoritmu v rámci nekterého paralelního prostredí nebo pomocí jiné
technologie, napr. FPGA. Dále navrhujeme další cíle prípadného výzkumu jako jsou rezání nebo
trhání tkáne, poprípade složitejší problémy mechanické interakce dvou deformovatelných objektu.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Radim Řehůřek
| Název: | Semantic-based plagiarism detection |
|---|---|
| Školitel: | doc. PhDr. Karel Pala, CSc. |
| Oponenti: | doc. RNDr. Luboš Popelínský, Ph.D. (FI MU) dr. Martin Rajman (EPF Lausanne) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Mým cílem je vyvinout systém pro efektivní detekci plagiátů. V současnosti používané systémy se zaměřují na detekci kopií a nejsou schopny nalézt plagiáty vzniklé ukradením nápadu za použití jiných slov. Pro získání sémantické struktury chci využít Latentního Sémantického Indexování (LSI). Tuto strukturu využiji pro zlepšení fáze dotazování. LSI tak poslouží jako nástroj pro transformaci textů do menšího prostoru konceptů a tím také pro zlepšení výkonu. Výsledné vektory jsou pak ovšem husté, protože každý koncept je v nich zastoupen nenulovým číslem. To znemožňuje použít oblíbenou techniku invertovaných indexů pro dotazování. Indexační metody založené na tvorbě stromů se ukazují pro prostory s velkou dimenzionalitou také nevhodné, proto se uvažuje technika VA-File, která urychluje naivní lineární průchod. Pro zlepšení vnitřního návrhu, a jak doufám také dotazovací přesnosti, se navíc před samotným vstupem do systému uvažuje i segmentace textu podle tématu. Kombinace těchto metod v rámci jednoho systému, jejich modifikace a vyhodnocení pro potřeby detekce plagiátů jsou navrhovaným předmětem mé disertace.
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Pavel Šmerk
| Název: | K morfologické desambiguaci češtiny |
|---|---|
| Školitel: | doc. PhDr. Karel Pala, CSc. |
| Oponenti: | doc. RNDr. Jan Hajič, Dr. (MFF UK Praha) doc. RNDr. Karel Oliva, Ph.D. (AV Praha) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
Teze disertační práce se věnují ......
Teze disertační práce byly obhájeny.
Mgr. Pavlína Vařeková
| Název: | Verification of Component-Based Systems Modelled in Component-Interaction Automata |
|---|---|
| Školitel: | doc. RNDr. Ivana Černá, CSc. |
| Oponenti: | RNDr. Jiří Adámek, Ph.D. (Praha) doc. Ing. Jiří Sochor, CSc. (FI MU) |
| Datum obhajoby: | 10. května 2007 |
Záměr disertační práce:
V poslední době se programování zohledňující komponentové principy ukazuje jako slibná technika umožňující vyvíjet velmi rozsáhlé a zároveň složité softwarové systémy, a proto vyvstává důležitý úkol verifikace těchto systémů.
Jedním z podstatných úkolů týkajících se tohoto problému je formální ověřování interakčních vlastností komponentových systémů, což se vzhledem k vlastnostem komponentových systémů dotýká mnoha zajímavých otázek a problemů jakou je například otázka zaměnitelnosti dvou komponent, nebo problém verifikace dynamickych komponentových systémů.
Teze disertační práce byly obhájeny.