Bioinformatika

Garant: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.

Obor je určen pro studenty, kteří chtějí získat vedle všeobecných poznatků z informatiky i nejnovější znalosti v dynamicky se rozvíjejících oborech bioinformatika a výpočetní systémová biologie. Absolvent oboru tak bude připraven pro praktickou či výzkumnou práci v tandemu informatik-biolog. Uplatní se v pozicích vyžadujících kooperaci mezi týmy odborníků z těchto dvou oblastí. V rámci oboru je možná specializace vhodnou volbou povinně volitelných předmětů. Je možné se zaměřit buď na zpracování, ukládání a analýzu genomických a proteomických dat nebo na využití formálních metod pro analýzu a predikci chování biologických systémů.

Požadavky

  • Získat nejméně 120 kreditů za celou dobu studia a složit státní zkoušku.
  • Získat 20 kreditů za předmět SDIPR a obhájit diplomovou práci, viz pokyny.
  • Absolvovat všechny povinné předměty oboru nejvyšší formou ukončení.

Povinné předměty

  • IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
  • PA017 Softwarové inženýrství II (2+2 kr.)
  • PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
  • PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
  • PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
  • PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
  • PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
  • PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
  • PřF:M4180 Numerické metody I (4+2 kr.)

Povinně volitelné předměty

  • alespoň 1 z:
    • PV021 Neural networks (4+2 kr.)
    • PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
  • alespoň 2 z:
    • MA002 Matematická analýza (4+2 kr.)
    • MA007 Matematická logika (3+2 kr.)
    • MA009 Algebra II (4+2 kr.)
    • MA010 Graph Theory (3+2 kr.)
    • MA012 Statistika II (4+2 kr.)
    • MA015 Graph Algorithms (3+2 kr.)
    • MV008 Algebra I (4+2 kr.)
    • MV011 Statistika I (4+2 kr.)
    • PřF:M7130 Geometrické algoritmy (2+2 kr.)
    • PřF:M9100 Numerické metody řešení obyčejných diferenciálních rovnic (3+2 kr.)
  • alespoň 3 z:
    • IA006 Vybrané kapitoly z teorie automatů (3+2 kr.)
    • IA008 Computational Logic (4+2 kr.)
    • IA012 Složitost (2+2 kr.)
    • IA014 Advanced Functional Programming (2+2 kr.)
    • IA023 Petriho sítě (2+2 kr.)
    • IA046 Computability (2+2 kr.)
    • IV003 Algoritmy a datové struktury II (4+2 kr.)
  • alespoň 15 kreditů v jedné ze následujících skupin:
    • volba Analýza molekulárních dat:
      • IV106 Bioinformatics seminar (1+1 kr.)
      • IV110 Projekt z bioinformatiky I (2+1 kr.)
      • PA010 Advanced Computer Graphics (2+2 kr.)
      • PA128 Similarity Searching in Multimedia Data (2+2 kr.)
      • PřF:C4660 Základy fyzikální chemie (2+2 kr.)
      • PřF:C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I (2+2 kr.)
      • PřF:C7920 Struktura a funkce proteinů (2+2 kr.)
    • volba Systémová biologie:
      • IA159 Formal Verification Methods (2+2 kr.)
      • IV120 Spojité a hybridní systémy (3+2 kr.)
      • PA183 Projekt ze systémové biologie (2+1 kr.)
      • PB172 Seminář ze systémové biologie (2+1 kr.)
      • PV027 Optimalizace (2+2 kr.)
      • PV225 Laboratoř systémové biologie (3+1 kr.)

Doporučený průchod studiem

Analýza molekulárních dat

1. semestr

  • IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
  • PA017 Softwarové inženýrství II (2+2 kr.)
  • PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
  • PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
  • PřF:C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I (2+2 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)

2. semestr

  • PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
  • PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
  • PřF:C4660 Základy fyzikální chemie (2+2 kr.)
  • PřF:M4180 Numerické metody I (4+2 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)

3. semestr

  • IV110 Projekt z bioinformatiky I (2+1 kr.)
  • PA010 Advanced Computer Graphics (2+2 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)

4. semestr

  • PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
  • PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
  • PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)

Systémová biologie

1. semestr

  • IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
  • PA017 Softwarové inženýrství II (2+2 kr.)
  • PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
  • PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)

2. semestr

  • IV120 Spojité a hybridní systémy (3+2 kr.)
  • PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
  • PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
  • PB172 Seminář ze systémové biologie (2+1 kr.)
  • PřF:M4180 Numerické metody I (4+2 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)

3. semestr

  • PA183 Projekt ze systémové biologie (2+1 kr.)
  • PV225 Laboratoř systémové biologie (3+1 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)
  • Volitelný předmět I (5 kr.)
  • Volitelný předmět M (5 kr.)

4. semestr

  • PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
  • PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
  • PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
  • SDIPR Diplomová práce (10 kr.)

Odpovědný kontakt: prof. RNDr. Jiří Barnat, Ph.D.: Ji%C5%99%C3%AD%20Barnat%20%3Cprodekan(dot)prog%40fi(dot)muni(dot)cz%3E