| Identifikační kód | RIV/00216305:26230/11:PU96166 |
|---|
| Název v anglickém jazyce | A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences |
|---|
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
|---|
| Jazyk | eng - angličtina |
|---|
| Obor - skupina | I - Informatika |
|---|
| Obor | IN - Informatika |
|---|
| Rok uplatnění | 2011 |
|---|
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
|---|
| Počet výskytů výsledku | 3 |
|---|
| Počet tvůrců celkem | 5 |
|---|
| Počet domácích tvůrců | 3 |
|---|
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Matej Lexa (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A)
Tomáš Martínek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4123484)
Ivana Burgetová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8702411)
Daniel Kopeček (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Marie Brázdová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
|---|
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Current methods for identification of potential triplex-forming sequences in genomes and similar sequence sets rely primarily on detecting homopurine and homopyrimidine tracts. Procedures capable of detecting sequences supporting imperfect, but structurally feasible intramolecular triplex structures are needed for better sequence analysis. We modified an algorithm for detection of approximate palindromes, so as to account for the special nature of triplex DNA structures. From available literature we conclude that approximate triplexes tolerate two classes of errors. One, analogical to mismatches in duplex DNA, involves nucleotides in triplets that do not readily form Hoogsteen bonds. The other class involves geometrically incompatible neighboring triplets hindering proper alignment of strands for optimal hydrogen bonding and stacking. We tested the statistical properties of the algorithm, as well as its correctness when confronted with known triplex sequences. The proposed algorithm sa |
|---|
| Klíčová slova oddělená středníkem | DNA sequence analysis, H-DNA, triplex, triplet, triad, gene regulation, pattern search, pattern recognition |
|---|
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
|---|
| DOI výsledku | 10.1093/bioinformatics/btr439 |
|---|