| Údaje o výsledku |
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/11:00049911 |
| Název v původním jazyce | A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor | IN - Informatika |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Údaje z Hodnocení výsledků výzkumných organizací 2014 |
| Výsledek byl hodnocen v Pilíři I |
| Rozsah vyřazení výsledku | Tento výskyt výsledku není vyřazen |
| Zařazení výsledku v hodnocení | Jimp - Článek v impaktovaném časopise evidovaném ve Web of Science |
| Skupina oboru v hodnocení | 04 - Technické a informatické vědy |
| Konkrétní způsob(y) hodnocení výsledku | Výsledek hodnocený již v předchozím hodnocení, body se přebírají |
| Bodové ohodnocení | 147,881 |
| Faktor korekce | 100,9 % |
| Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) | 149,254 |
| Rozdělení výsledku mezi předkladatele |
| Organizace | Výzkumná organizace? | Podíl | Body | Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) |
|---|
| Masarykova univerzita / Fakulta informatiky | ano | 40,0 % | 59,152 | 59,702 |
| Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií | ano | 60,0 % | 88,728 | 89,552 |
|
| Výsledek byl hodnocen v Pilíři II |
| Předložení do panelu |
| Organizace | Expertní panel pro oborovou skupinu | Podíl | Ohodnocení |
|---|
| Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií | 04 - Technické a informatické vědy | 40,0 % | A |
|
| Tvůrci výsledku |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Tvůrce | Lexa Matej (státní příslušnost: SK - Slovenská republika; A - domácí tvůrce; G - garant výsledku; vedidk: 6759890) |
| Tvůrce | Martínek Tomáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 4123484) |
| Tvůrce | Burgetová Ivana (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 4496833) |
| Tvůrce | Kopeček Daniel (státní příslušnost: CZ - Česká republika; A - domácí tvůrce; vedidk: 8051690) |
| Tvůrce | Brázdová Marie (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 8312095) |
| Údaje blíže specifikující výsledek |
| Popis v původním jazyce | Current methods for identification of potential triplex-forming sequences in genomes and similar sequence sets rely primarily on detecting homopurine and homopyrimidine tracts. We modified an algorithm for detection of approximate palindromes, so as to account for the special nature of triplex DNA structures. From available literature we conclude that approximate triplexes tolerate two classes of errors. One, analogical to mismatches in duplex DNA, involves nucleotides in triplets that do not readily form Hoogsteen bonds. The other class involves geometrically incompatible neighboring triplets hindering proper alignment of strands for optimal hydrogen bonding and stacking. We tested the statistical properties of the algorithm, as well as its correctness when confronted with known triplex sequences. The proposed algorithm satisfactorily detects sequences with intramolecular triplex-forming potential. Its complexity is directly comparable to palindrome searching. |
| Klíčová slova | DNA sequence analysis; H-DNA; triplex; triplet; triad; gene regulation; pattern search; pattern recognition |
| Kód UT ISI | 000294755400006 |
| Název periodka | Bioinformatics |
| Rozsah stran | 2510-2517 |
| ISSN | 1367-4803 |
| Svazek periodika | 27 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 18 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 8 |
| DOI výsledku | 10.1093/bioinformatics/btr439 |
| Údaje o tomto záznamu o výsledku |
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2012 |
| Systémové označení dodávky dat | RIV12-GA0-14330___/02:1 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/11:00049911!RIV12-GA0-14330___ |
| Kontrolní kód | [BE7F64AB6F52] |
| Další výskyty tohoto výsledku od jiných předkladatelů |
| Další předkladatel | Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
| Dodáno GA ČR v roce 2013 | Záznam s identifikačním kódem RIV/00216305:26230/11:PU96166 v dodávce dat RIV13-GA0-26230___/02:2 |
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | Záznam s identifikačním kódem RIV/00216305:26230/11:PU96166 v dodávce dat RIV12-MSM-26230___/02:2 |
| Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl |
| Projekt | GA204/08/1560 - Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA (2008-2010, GA0/GA) |
| Výzkumný záměr | MSM0021630528 - Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti (2007-2013, MSM) |
| S - Specifický výzkum na vysokých školách |