RIV/00216305:26230/13:PU106424 - Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences (2013)

Údaje o výsledku
Identifikační kódRIV/00216305:26230/13:PU106424
Název v původním jazyceTriplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences
DruhJ - Článek v odborném periodiku
Jazykeng - angličtina
OborIN - Informatika
Rok uplatnění2013
Kód důvěrnosti údajůS - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
Počet výskytů výsledku2
Údaje z Hodnocení výsledků výzkumných organizací 2014
Výsledek byl hodnocen v Pilíři I
Rozsah vyřazení výsledkuTento výskyt výsledku není vyřazen
Zařazení výsledku v hodnoceníJimp - Článek v impaktovaném časopise evidovaném ve Web of Science
Skupina oboru v hodnocení04 - Technické a informatické vědy
Konkrétní způsob(y) hodnocení výsledkuČlánek v impaktovaném časopise evidovaném ve Web of Science
Bodové ohodnocení105,123
Faktor korekce86,1 %
Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky)90,533
Rozdělení výsledku mezi předkladatele
OrganizaceVýzkumná organizace?PodílBodyBody (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky)
Masarykova univerzita / Fakulta informatikyano50,0 %52,56145,267
Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologiíano50,0 %52,56145,267
Tvůrci výsledku
Počet tvůrců celkem4
Počet domácích tvůrců2
TvůrceHon Jiří (státní příslušnost: CZ - Česká republika; A - domácí tvůrce; vedidk: 4291840)
TvůrceMartínek Tomáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika; A - domácí tvůrce; vedidk: 4123484)
TvůrceRajdl Kamil (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
TvůrceLexa Matej (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Údaje blíže specifikující výsledek
Popis v původním jazyceMotivation: Upgrade and integration of triplex software into the R/Bioconductor framework. Results: We combined a previously published implementation of a triplex DNA search algorithm with visualization to create a versatile R/Bioconductor package triplex. The new package provides functions that can be used to search Bioconductor genomes and other DNA sequence data for occurrence of nucleotide patterns capable of forming intramolecular triplexes (H-DNA). Functions producing 2D and 3D diagrams of the identified triplexes allow instant visualization of the search results. Leveraging the power of Biostrings and GRanges classes, the results get fully integrated into the existing Bioconductor framework, allowing their passage to other Genome visualization and annotation packages, such as GenomeGraphs, rtracklayer or Gviz.
Klíčová slovatriplex, H-DNA, R, Bioconductor, gene regulation, pattern search, visualization
Kód UT ISI000322337000012
Název periodkaBIOINFORMATICS
Rozsah stran1900-1901
ISSN1367-4803
Svazek periodika29
Číslo periodika v rámci uvedeného svazku15
Stát vydavatele periodikaGB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku2
DOI výsledku10.1093/bioinformatics/btt299
Údaje o tomto záznamu o výsledku
PředkladatelVysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií
DodavatelMSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT)
Rok sběru2014
Systémové označení dodávky datRIV14-MSM-26230___/01:1
SpecifikaceRIV/00216305:26230/13:PU106424!RIV14-MSM-26230___
Kontrolní kód[6BBB1B17C393]
Další výskyty tohoto výsledku od jiných předkladatelů
Další předkladatelMasarykova univerzita / Fakulta informatiky
Dodáno MŠMT v roce 2014Záznam s identifikačním kódem RIV/00216224:14330/13:00068371 v dodávce dat RIV14-MSM-14330___/01:1
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
ProjektED1.1.00/02.0070 - Centrum excelence IT4Innovations (2011-2015, MSM/ED)
ProjektLG13010 - Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics (2013-2015, MSM/LG)
Výzkumný záměrMSM0021630528 - Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti (2007-2013, MSM)
S - Specifický výzkum na vysokých školách