| Údaje o výsledku |
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/13:00068371 |
| Název v původním jazyce | Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor | IN - Informatika |
| Rok uplatnění | 2013 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Údaje z Hodnocení výsledků výzkumných organizací 2014 |
| Výsledek byl hodnocen v Pilíři I |
| Rozsah vyřazení výsledku | Tento výskyt výsledku není vyřazen |
| Zařazení výsledku v hodnocení | Jimp - Článek v impaktovaném časopise evidovaném ve Web of Science |
| Skupina oboru v hodnocení | 04 - Technické a informatické vědy |
| Konkrétní způsob(y) hodnocení výsledku | Článek v impaktovaném časopise evidovaném ve Web of Science |
| Bodové ohodnocení | 105,123 |
| Faktor korekce | 86,1 % |
| Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) | 90,533 |
| Rozdělení výsledku mezi předkladatele |
| Organizace | Výzkumná organizace? | Podíl | Body | Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) |
|---|
| Masarykova univerzita / Fakulta informatiky | ano | 50,0 % | 52,561 | 45,267 |
| Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií | ano | 50,0 % | 52,561 | 45,267 |
|
| Tvůrci výsledku |
| Počet tvůrců celkem | 4 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Tvůrce | Hon Jiří (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Tvůrce | Martínek Tomáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Tvůrce | Rajdl Kamil (státní příslušnost: CZ - Česká republika; A - domácí tvůrce; vedidk: 8645817) |
| Tvůrce | Lexa Matej (státní příslušnost: SK - Slovenská republika; A - domácí tvůrce; vedidk: 6759890) |
| Údaje blíže specifikující výsledek |
| Popis v původním jazyce | Upgrade and integration of triplex software into the R/Bioconductor framework. We combined a previously published implementation of a triplex DNA search algorithm with visualization to create a versatile R/Bioconductor package triplex. The new package provides functions that can be used to search Bioconductor genomes and other DNA sequence data for occurrence of nucleotide patterns capable of forming intramolecular triplexes (H-DNA). Functions producing 2-D and 3-D diagrams of the identified triplexes allow instant visualization of the search results. Leveraging the power of Biostrings and GRanges classes, the results get fully integrated into the existing Bioconductor framework, allowing their passage to other Genome visualization and annotation packages, such as GenomeGraphs, rtracklayer or Gviz. R package triplex is available from Bioconductor (bioconductor.org). |
| Klíčová slova | H-DNA; R/Bioconductor; pattern matching; dynamic programming; triplex; searching; annotation |
| Název periodka | Bioinformatics |
| Rozsah stran | 1900-1901 |
| ISSN | 1367-4803 |
| Svazek periodika | 29 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 15 |
| Stát vydavatele periodika | CZ - Česká republika |
| Počet stran výsledku | 2 |
| Adresa www stránky s výsledkem | http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/15/1900.abstract.html |
| DOI výsledku | 10.1093/bioinformatics/btt299 |
| Údaje o tomto záznamu o výsledku |
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2014 |
| Systémové označení dodávky dat | RIV14-MSM-14330___/01:1 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/13:00068371!RIV14-MSM-14330___ |
| Kontrolní kód | [C8E3CDA265C0] |
| Další výskyty tohoto výsledku od jiných předkladatelů |
| Další předkladatel | Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | Záznam s identifikačním kódem RIV/00216305:26230/13:PU106424 v dodávce dat RIV14-MSM-26230___/01:1 |
| Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl |
| Projekt | ED1.1.00/02.0070 - Centrum excelence IT4Innovations (2011-2015, MSM/ED) |
| Projekt | LG13010 - Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics (2013-2015, MSM/LG) |
| Výzkumný záměr | MSM0021630528 - Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti (2007-2013, MSM) |
| S - Specifický výzkum na vysokých školách |