| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/13:00065956 |
|---|
| Název v anglickém jazyce | Timed Modelling of Gene Networks with Arbitrary Expression Level Discretization |
|---|
| Druh | D - Článek ve sborníku |
|---|
| Jazyk | eng - angličtina |
|---|
| Obor - skupina | I - Informatika |
|---|
| Obor | IN - Informatika |
|---|
| Rok uplatnění | 2013 |
|---|
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
|---|
| Počet výskytů výsledku | 2 |
|---|
| Počet tvůrců celkem | 4 |
|---|
| Počet domácích tvůrců | 2 |
|---|
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Simon Van Goethem (státní příslušnost: BE - Belgické království)
Jean-Marie Jacquet (státní příslušnost: BE - Belgické království)
Luboš Brim (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6500773)
David Šafránek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8225400) |
|---|
| Popis výsledku v anglickém jazyce | In this paper, a novel approach to discrete modeling of gene regulatory networks is presented. The approach is based on timed automata and is new in: (i) reflecting discrete abstraction of gene expression with arbitrary granularity, (ii) combining boolean logic with approximation of Hill kinetics. This is achieved by introducing delays that change dynamically with respect to current activity levels of regulating genes. The approach is implemented in UPPAAL and evaluated on benchmark models and on a biological case study. |
|---|
| Klíčová slova oddělená středníkem | timed automata; gene regulatory networks; UPPAAL |
|---|
| Stránka www, na které se nachází výsledek | http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1571066113000212 |
|---|
| DOI výsledku | 10.1016/j.entcs.2013.02.019 |
|---|