| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/12:00065912 |
|---|
| Název v anglickém jazyce | Prediction of significant cruciform structures from sequence in topologically constrained DNA - a probabilistic modelling approach |
|---|
| Druh | D - Článek ve sborníku |
|---|
| Jazyk | eng - angličtina |
|---|
| Obor - skupina | I - Informatika |
|---|
| Obor | IN - Informatika |
|---|
| Rok uplatnění | 2012 |
|---|
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
|---|
| Počet výskytů výsledku | 1 |
|---|
| Počet tvůrců celkem | 4 |
|---|
| Počet domácích tvůrců | 1 |
|---|
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Matej Lexa (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6759890)
Karel Nejedlý (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Lucie Navrátilová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 8970661)
Marie Brázdová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 8312095) |
|---|
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Sequence-dependent secondary DNA structures, such as cruciform or triplex DNA, are implicated in regulation of gene transcription and other important biological processes at the molecular level. Sequences capable of forming these structures can readily be identified in entire genomes by appropriate searching techniques. However, not every DNA segment containing the proper sequence has equal probability of forming an alternative structure. Calculating the free energy of the potential structures providesan estimate of their stability in vivo, but there are other structural factors, both local and non-local, not taken into account by such simplistic approach. In is paper we present the procedure we currently use to identify potential cruciform structuresin DNA sequences. The procedure relies on identification of palindromes (or inverted repeats) and their evaluation by a nucleic acid folding program (UNAFold). |
|---|
| Klíčová slova oddělená středníkem | cruciforms; simulation; mathematical model; stability; DNA; superhelicity |
|---|
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
|---|
| DOI výsledku | 10.5220/0003705701240130 |
|---|