| Údaje o výsledku |
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/12:00065912 |
| Název v původním jazyce | Prediction of significant cruciform structures from sequence in topologically constrained DNA - a probabilistic modelling approach |
| Druh | D - Článek ve sborníku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor | IN - Informatika |
| Rok uplatnění | 2012 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Údaje z Hodnocení výsledků výzkumných organizací 2014 |
| Výsledek byl hodnocen v Pilíři I |
| Rozsah vyřazení výsledku | Tento výskyt výsledku není vyřazen |
| Zařazení výsledku v hodnocení | D - Článek ve sborníku |
| Skupina oboru v hodnocení | 04 - Technické a informatické vědy |
| Konkrétní způsob(y) hodnocení výsledku | Článek ve sborníku evidovaném v databázi Scopus bodovaný podle SJR zdroje typu Book Series nebo Conference Proceedings |
| Bodové ohodnocení | 8,000 |
| Faktor korekce | 77,6 % |
| Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) | 6,205 |
| Rozdělení výsledku mezi předkladatele |
| Organizace | Výzkumná organizace? | Podíl | Body | Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) |
|---|
| Masarykova univerzita / Fakulta informatiky | ano | 40,0 % | 3,200 | 2,482 |
|
| Tvůrci výsledku |
| Počet tvůrců celkem | 4 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Tvůrce | Lexa Matej (státní příslušnost: SK - Slovenská republika; A - domácí tvůrce; vedidk: 6759890) |
| Tvůrce | Nejedlý Karel (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Tvůrce | Navrátilová Lucie (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 8970661) |
| Tvůrce | Brázdová Marie (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 8312095) |
| Údaje blíže specifikující výsledek |
| Popis v původním jazyce | Sequence-dependent secondary DNA structures, such as cruciform or triplex DNA, are implicated in regulation of gene transcription and other important biological processes at the molecular level. Sequences capable of forming these structures can readily be identified in entire genomes by appropriate searching techniques. However, not every DNA segment containing the proper sequence has equal probability of forming an alternative structure. Calculating the free energy of the potential structures provides an estimate of their stability in vivo, but there are other structural factors, both local and non-local, not taken into account by such simplistic approach. In is paper we present the procedure we currently use to identify potential cruciform structures in DNA sequences. The procedure relies on identification of palindromes (or inverted repeats) and their evaluation by a nucleic acid folding program (UNAFold). |
| Klíčová slova | cruciforms; simulation; mathematical model; stability; DNA; superhelicity |
| Název sborníku | Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. |
| Rozsah stran | 124-130 |
| Forma vydání | P - Tištěná verze „print“ |
| Počet stran výsledku | 7 |
| ISBN | 9789898425904 |
| Název nakladatele | SciTePress |
| Místo vydání | Neuveden |
| Místo konání akce | Algarve, Portugal |
| Datum zahájení akce | 1.2.2012 |
| Typ akce podle státní příslušnoti účastníků | WRD - Světová |
| DOI výsledku | 10.5220/0003705701240130 |
| Údaje o tomto záznamu o výsledku |
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2014 |
| Systémové označení dodávky dat | RIV14-GA0-14330___/01:1 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/12:00065912!RIV14-GA0-14330___ |
| Kontrolní kód | [7E016B26DB3D] |
| Jiný výskyt tohoto výsledku se v RIV nenachází |
| Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl |
| Projekt | GA204/08/1560 - Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA (2008-2010, GA0/GA) |