Normalizing for Individual Cell Population Context in the Analysis of High-Content Cellular Screens (2011)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/11:00054378 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Normalizing for Individual Cell Population Context in the Analysis of High-Content Cellular Screens |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BB - Aplikovaná statistika, operační výzkum |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Počet tvůrců celkem | 11 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Bettina Knapp (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Ilka Rebhan (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Anil Kumar (státní příslušnost: IN - Indická republika) Petr Matula (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8544212) Narsis A Kiani (státní příslušnost: IR - Íránská islámská republika) Marco Binder (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Hoger Erfle (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Karl Rohr (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Roland Eils (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Ralf Bartenschlager (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Lars Kaderali (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | We present a method that normalizes and statistically scores microscopy based RNAi screens, exploiting individual cell information of hundreds of cells per knockdown. Each cell?s individual population context is employed in normalization. We present results on two infection screens for hepatitis C and dengue virus, both showing considerable effects on observed phenotypes due to population context. In addition, we show on a nonvirus screen that these effects can be found also in RNAi data in the absenceof any virus. Using our approach to normalize against these effects we achieve improved performance in comparison to an analysis without this normalization and hit scoring strategy. Furthermore, our approach results in the identification of considerablymore significantly enriched pathways in hepatitis C virus replication than using a standard analysis approach. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | high-content screening; normalization; cell-based analysis |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3259109/pdf/1471-2105-12-485.pdf |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | BMC Bioinformatics |
|---|---|
| ISSN | 1471-2105 |
| Svazek periodika | 12 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 485 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 14 |
| Strana od-do | 1-14 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | - |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2012 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/11:00054378!RIV12-MSM-14330___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 07.05.2012 |
| Kontrolní číslo | 13244704 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu 2B | 2B06052 - Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (2006 - 2011) |
|---|---|
| Výzkumný záměr podporovaný MŠMT | MSM0021622419 - Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy (2005 - 2011) |