| Údaje o výsledku |
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/11:00054378 |
| Název v původním jazyce | Normalizing for Individual Cell Population Context in the Analysis of High-Content Cellular Screens |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor | BB - Aplikovaná statistika, operační výzkum |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Údaje z Hodnocení výsledků výzkumných organizací 2014 |
| Výsledek byl hodnocen v Pilíři I |
| Rozsah vyřazení výsledku | Tento výskyt výsledku není vyřazen |
| Zařazení výsledku v hodnocení | Jimp - Článek v impaktovaném časopise evidovaném ve Web of Science |
| Skupina oboru v hodnocení | 07 - Matematické vědy |
| Konkrétní způsob(y) hodnocení výsledku | Výsledek hodnocený již v předchozím hodnocení, body se přebírají |
| Bodové ohodnocení | 41,891 |
| Faktor korekce | 100,9 % |
| Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) | 42,280 |
| Rozdělení výsledku mezi předkladatele |
| Organizace | Výzkumná organizace? | Podíl | Body | Body (upravené podle přílohy č. 8 Metodiky) |
|---|
| Masarykova univerzita / Fakulta informatiky | ano | 16,7 % | 6,982 | 7,047 |
|
| Tvůrci výsledku |
| Počet tvůrců celkem | 11 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Tvůrce | Knapp Bettina (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Tvůrce | Rebhan Ilka (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Tvůrce | Kumar Anil (státní příslušnost: IN - Indická republika) |
| Tvůrce | Matula Petr (státní příslušnost: CZ - Česká republika; A - domácí tvůrce; G - garant výsledku; vedidk: 8544212) |
| Tvůrce | Kiani Narsis A (státní příslušnost: IR - Íránská islámská republika) |
| Tvůrce | Binder Marco (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Tvůrce | Erfle Hoger (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Tvůrce | Rohr Karl (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Tvůrce | Eils Roland (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Tvůrce | Bartenschlager Ralf (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Tvůrce | Kaderali Lars (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Údaje blíže specifikující výsledek |
| Popis v původním jazyce | We present a method that normalizes and statistically scores microscopy based RNAi screens, exploiting individual cell information of hundreds of cells per knockdown. Each cell’s individual population context is employed in normalization. We present results on two infection screens for hepatitis C and dengue virus, both showing considerable effects on observed phenotypes due to population context. In addition, we show on a nonvirus screen that these effects can be found also in RNAi data in the absence of any virus. Using our approach to normalize against these effects we achieve improved performance in comparison to an analysis without this normalization and hit scoring strategy. Furthermore, our approach results in the identification of considerably more significantly enriched pathways in hepatitis C virus replication than using a standard analysis approach. |
| Klíčová slova | high-content screening; normalization; cell-based analysis |
| Název periodka | BMC Bioinformatics |
| Rozsah stran | 1-14 |
| ISSN | 1471-2105 |
| Svazek periodika | 12 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 485 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 14 |
| Adresa www stránky s výsledkem | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3259109/pdf/1471-2105-12-485.pdf |
| Údaje o tomto záznamu o výsledku |
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2012 |
| Systémové označení dodávky dat | RIV12-MSM-14330___/01:1 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/11:00054378!RIV12-MSM-14330___ |
| Kontrolní kód | [1AA2B3DDBC01] |
| Jiný výskyt tohoto výsledku se v RIV nenachází |
| Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl |
| Projekt | 2B06052 - Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (2006-2011, MSM/2B) |
| Výzkumný záměr | MSM0021622419 - Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy (2005-2011, MSM) |