Impaktované časopisy          Konference          Celkem

Podklady pro hodnocení kateder na základě článků v impaktovaných časopisech ohodnocených podle pozice časopisu v oborovém žebříčku dle JCR, konferenčních příspěvků ohodnocených dle interních pravidel a „RIV“ bodů Hodnocení 2016. Jde o výsledky vykázané za FI nebo s deklarovaným podílem FI (konkrétní výše podílu není nijak zohledněna).

Hodnoty výsledků dělím rovným dílem mezi domácí autory s vazbou k jedné z kateder. Základem pro rozřazení autorů ke katedrám je seznam zaměstnanců kateder. Doktorandi jsou řazeni na katedru svého školitele, ze zbylých domácích autorů jsou ti, kteří mají spoluautory pouze z jedné katedry, zařazeni na tuto katedru, z ostatních jsou ti s významnějším přínosem zařazeni ručně (např. magisterští studenti dle vedoucího DP), podíl těch s marginálním přínosem je rozdělen mezi jejich spoluautory.

Šedě podbarvené jsou vykázány za jinou fakultu, ale s deklarovaným podílem FI.

Lexa Matej (IS), katedra: KSUZD, zdroj vazby: seznam

Články v impaktovaných časopisech dle IS MU 2013–2017 (celkem 4.545)

Hodnota se počítá jako (Nmax - N + 1) / N, kde Nmax je počet časopisů v kategorii a N pořadí časopisu dle IF. Při zařazení časopisu do více kategorií nebo shodě IF se bere průměr. Najetím myší na hodnotu se zobrazí pořadí v oborových žebříčcích daného ročníku JCR (pro 2017 JCR2016; JCR2017 ještě nevyšlo), odkaz vede na stránku časopisu v JCR (oborové žebříčky tam jsou pod odkazem Rank), funguje ale jen z IP adres MU a je potřeba kliknout alespoň dvakrát, první přístup pouze inicializuje session.

hodnotadíl autoraroktitlezapočítaníostatní
0.960.962017pqsfinder: an exhaustive and imperfection-tolerant search tool for potential quadruplex-forming sequences in R (DOI)LexaHon, Martínek, Zendulka
0.960.962016Hammock: a hidden Markov model-based peptide clustering algorithm to identify protein-interaction consensus motifs in large datasets (DOI)LexaKrejčí, Hupp, Vojtěšek, Müller
0.8990.452013Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences (DOI)Rajdl, LexaHon, Martínek
0.8730.2182013Preferential Binding of Hot Spot Mutant p53 Proteins to Supercoiled DNA In Vitro and in Cells (DOI)Tichý, Lexa, Adámik, FojtaBrázdová, Navratilova, Němcová, Hrstka, Pecinka, Vojtěšek, Palecek, Deppert
0.810.4052014Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements (DOI)Lexa, VorlíčkováSteflova, Martínek, Vyskot, Kejnovský
0.7910.1982013Contrasting Patterns of Transposable Element and Satellite Distribution on Sex Chromosomes (XY1Y2) in the Dioecious Plant Rumex acetosa (DOI)Šteflová, Vogel, Lexa, KejnovskýTokan, Macas, Novak, Hobza, Vyskot
0.7810.7812016p53 Specifically Binds Triplex DNA In Vitro and in Cells (DOI)LexaBrázdová, Tichý, Helma, Bažantová, Polášková, Krejčí, Petr, Navrátilová, Tichá, Nejedlý, Bennink, Subramaniam, Bábková, Martínek, Adámik
0.5090.5092015Transposable elements and G-quadruplexes (DOI)LexaKejnovský, Tokan
0.2350.0342013Pseudomonas prosekii sp. nov., a Novel Psychrotrophic Bacterium from Antarctica (DOI)Kosina, Barták, Mašlaňová, Vávrová, Šedo, Lexa, Sedláček
0.2090.032013Description of Pseudomonas jessenii subsp. pseudoputida subsp. nov., amended description of Pseudomonas jessenii and description of Pseudomonas jessenii subsp. jessenii subsp. nov. (DOI)Kosina, Mašlaňová, Vávrová, Šedo, Lexa, Švec, Sedláček

Články ve sbornících dle IS MU 2013–2017 (celkem C: 1, D: 3.5) Popis rankingu viz zde.
rankroktitlezapočítaníostatnínakladatelsborník
C2016Semi-automatic mining of correlated data from a complex database: Correlation network visualization (DOI)Lexa, LapárIEEEComputational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS), 2016 IEEE 6th International Conference on
C2015A flexible denormalization technique for data analysis above a deeply-structured relational database: biomedical applications (DOI)Štefanič, LexaSpringer International PublishingLecture Notes in Computer Science 9043, Bioinformatics and Biomedical Engineering, Third International Conference, IWBBIO 2015, Granada, Spain, April 15-17 2015, Proceedings, Part I
D2014The possibilities of using biological knowledge for filtering pairs of SNPs in GWAS studies: an exploratory study on public protein-interaction and pathway data. (DOI)Lexa, ŠtefaničSciTePressProceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
D2014Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome. In silico study using the R/Bioconductor package triplex. (DOI)LexaMartínek, BrázdováSciTePressProceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
D2014The Possibilities of Filtering Pairs of SNPs in GWAS Studies Exploratory Study on Public Protein-interaction and Pathway DataLexa, ŠtefaničSCITEPRESSBIOINFORMATICS 2014: PROCEEDINGS OF THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS MODELS, METHODS AND ALGORITHMS
D2013In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/BioconductorLexaBrázdová, MartínekCreateSpace Independent Publishing PlatformITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory (Workshops, Posters, and Tutorials)
D2013Generating simulated testing data for genome-wide association studiesŠtefanič, LexaCreateSpace Independent Publishing PlatformITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory (Workshops, Posters, and Tutorials)

Body v RIVu dle Hodnocení 2016 (tedy 2011–2015; celkem 104.112)

Z Hodnocení jsou převzaty body za publikační výsledky z Pilíře I, body za aplikované výsledky (SW, druh R) z roku 2011 z Pilíře III a body za projekty aplikovaného výzkumu z Pilíře III, které jsou vždy přiděleny vedoucím těchto projektů (p.t. Horák, Matyáš, Pala, Přenosil a Zezula, z pohledu dělení na katedry postačující, z individuálního pohledu to pochopitelně čísla trochu zkresluje). Případné procentní podíly pracovišť v IS MU nejsou zohledněny (stran přerozdělení mezi fakultami jde o malé desítky bodů, ale bylo by obtížné to korektně dohledat, stran rozdělení mezi katedry jsou data neúplná a/nebo nespolehlivá).

body FIbody autorarokzařazení :druhtitlezapočítaníostatní
59.70229.8512011Jimp:JA dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences (DOI)Lexa, Kopeček
45.26722.6332013Jimp:JTriplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences (DOI)Rajdl, Lexa
25.83812.9192015Jimp:JGuanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements (DOI)Lexa, Vorlíčková
18.1114.5282013Jimp:JPreferential Binding of Hot Spot Mutant p53 Proteins to Supercoiled DNA In Vitro and in Cells (DOI)Tichý, Lexa, Adámik, Fojta
15.7367.8682015D:DA flexible denormalization technique for data analysis above a deeply-structured relational database: biomedical applications (DOI)Štefanič, Lexa
12.51412.5142015Jimp:JTransposable elements and G-quadruplexes (DOI)Lexa
6.2053.1022012D:DcswHMM: a novel context switching hidden Markov model for biological sequence analysis (DOI)Bystrý, Lexa
4.0374.0372011D:DArchitecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection (DOI)Lexa
2.9841.4922014D:DThe Possibilities of Filtering Pairs of SNPs in GWAS Studies Exploratory Study on Public Protein-interaction and Pathway DataLexa, Štefanič
2.9841.4922014D:DThe possibilities of using biological knowledge for filtering pairs of SNPs in GWAS studies: an exploratory study on public protein-interaction and pathway data. (DOI)Lexa, Štefanič
2.4822.4822012D:DPrediction of significant cruciform structures from sequence in topologically constrained DNA - a probabilistic modelling approach (DOI)Lexa
1.1941.1942014D:DUneven distribution of potential triplex sequences in the human genome. In silico study using the R/Bioconductor package triplex. (DOI)Lexa
002013neu:DGenerovanie simulovaných testovacích dát pre genómové asociačné štúdieŠtefanič, Lexa
002013neu:DIn silico search for secondary structures in p53 target genes using R/BioconductorLexa