Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements (2014)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216305:26230/15:PU116955 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění | 2014 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | |
| Počet tvůrců celkem | 6 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Matej Lexa (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Pavlína Šteflová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Tomáš Martínek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4123484) Michaela Vorlíčková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Boris Vyskot (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Eduard Kejnovský (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | BACKGROUND:Transposable elements form a significant proportion of eukaryotic genomes. Recently, Lexa et al (Nucleic Acids Res 42:968-978, 2014) reported that plant long terminal repeat (LTR) retrotransposons often contain potential quadruplex sequences (PQSs) in their LTRs and experimentally confirmed their ability to adopt four-stranded DNA conformations.RESULTS:Here, we searched for PQSs in human retrotransposons and found that PQSs are specifically localized in the 3'-UTR of LINE-1 elements, in LTRs of HERV elements and are strongly accumulated in specific regions of SVA elements. Circular dichroism spectroscopy confirmed that most PQSs had adopted monomolecular or bimolecular guanine quadruplex structures. Evolutionarily young SVA elements contained more PQSs than older elements and their propensity to form quadruplex DNA was higher. Full-length L1 elements contained more PQSs than truncated elements; the highest proportion of PQSs was found inside transpositionally active L1 elements (PA2 and HS families).CONCLUSIONS:Conservation of quadruplexes at specific positions of transposable elements implies their importance in their life cycle. The increasing quadruplex presence in evolutionary young LINE-1 and SVA families makes these elements important contributors toward present genome-wide quadruplex distribution. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | G4 quadruplex, human transposable elements, circular dichroism, Bioconductor code, bioinformatics |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/1032 |
| DOI výsledku | 10.1186/1471-2164-15-1032 |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | BMC GENOMICS |
|---|---|
| ISSN | 1471-2164 |
| Svazek periodika | 15 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1032 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 12 |
| Strana od-do | 1-12 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | - |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2016 |
| Specifikace | RIV/00216305:26230/15:PU116955!RIV16-MSM-26230___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 07.06.2017 |
| Kontrolní číslo | 191955259 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2015 | RIV/00216224:14330/14:00077524 v dodávce dat RIV15-MSM-14330___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED1.1.00/02.0070 - Centrum excelence IT4Innovations (2011 - 2015) |
|---|