A benchmark for comparison of cell tracking algorithms (2014)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216208:11110/14:10284273 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | A benchmark for comparison of cell tracking algorithms |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EA - Morfologické obory a cytologie |
| Rok uplatnění | 2014 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 4 |
| Počet tvůrců celkem | 30 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Martin Maska (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Vladimir Ulman (státní příslušnost: CZ - Česká republika) David Svoboda (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Pavel Matula (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Petr Matula (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Cristina Ederra (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Ainhoa Urbiola (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Tomas Espana (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Subramanian Venkatesan (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Deepak M. W. Balak (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Pavel Karas (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Tereza Bolckova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Marketa Streitova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Craig Carthel (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Stefano Coraluppi (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Nathalie Harder (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Karl Rohr (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Klas E. G. Magnusson (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Joakim Jalden (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Helen M. Blau (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Oleh Dzyubachyk (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Pavel Křížek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6675581) Guy Michael Hagen (státní příslušnost: US - Spojené státy americké, domácí tvůrce: A, vedidk: 2095270) David Pastor-Escuredo (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Daniel Jimenez-Carretero (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Maria J. Ledesma-Carbayo (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Arrate Munoz-Barrutia (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Erik Meijering (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Michal Kozubek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Carlos Ortiz-de-Solorzano (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Motivation: Automatic tracking of cells in multidimensional time-lapse fluorescence microscopy is an important task in many biomedical applications. A novel framework for objective evaluation of cell tracking algorithms has been established under the auspices of the IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2013 Cell Tracking Challenge. In this article, we present the logistics, datasets, methods and results of the challenge and lay down the principles for future uses of this benchmark. Results: The main contributions of the challenge include the creation of a comprehensive video dataset repository and the definition of objective measures for comparison and ranking of the algorithms. With this benchmark, six algorithms covering a variety of segmentation and tracking paradigms have been compared and ranked based on their performance on both synthetic and real datasets. Given the diversity of the datasets, we do not declare a single winner of the challenge. Instead, we present a |
| Klíčová slova oddělená středníkem | images; cancer; nuclei; segmentation; lineage construction; fluorescence microscopy |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080 |
| DOI výsledku | 10.1093/bioinformatics/btu080 |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Bioinformatics |
|---|---|
| ISSN | 1367-4803 |
| Svazek periodika | 30 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 11 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 9 |
| Strana od-do | 1609-1617 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000337040200016 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Karlova v Praze / 1. lékařská fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2015 |
| Specifikace | RIV/00216208:11110/14:10284273!RIV15-MSM-11110___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 29.05.2015 |
| Kontrolní číslo | 152061784 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2015 | RIV/00216208:11110/14:10284273 v dodávce dat RIV15-GA0-11110___/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno GA ČR v roce 2015 | RIV/00216224:14330/14:00073448 v dodávce dat RIV15-GA0-14330___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2015 | RIV/00216224:14330/14:00073448 v dodávce dat RIV15-MSM-14330___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP302/12/G157 - Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii (2012 - 2018) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GPP205/12/P392 - Zobrazení a analýza biologických vzorků v superrozlišení pomocí jednomolekulové lokalizační mikroskopie (2012 - 2014) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |