Cvičení -- simulace dynamiky

Úkol 1

Stáhněte a nainstalujte si nástroj COPASI (www.copasi.org).

Úkol 2

Uvažujme následující reakce:

Uvažujte následující hodnoty reakčních konstant:
k1 = 1, k2 = 0.5, k3 = 2

• Přepište pomocí zákona "mass action law" každou z reakcí do nástroje COPASI a proveďte její časovou simulaci (time course). Iniciální koncentrace zvolte libovolně.
• Zkuste libovolně změnit rekační konstanty a iniciální koncentrace látek a sledujte změny v dynamice jednotlivých reakcí.

Úkol 3

Uvažujme následující biologickou dráhu:

Uvažujte následující hodnoty reakčních konstant:

k1 = 0.53, k2 = 0.0072, k3 = 0.625, k4 = 0.00245, k5 = 0.0315, k6 = 0.8, k7 = 0.0075, k8 = 0.071, k9 = 0.92, k10 = 0.00122, k11 = 0.87

• Přepište reakci do nástroje COPASI s použitím zákona "mass action law".
• Zvolte libovolně iniciální koncentrace a proveďte simulaci (time course).