IV105 Seminar z bioinformatiky P (Podzim)

IV106 Seminar z bioinformatiky G (Jaro)

IV107 Bioinformatika I (Jaro)

IV108 Bioinformatika II (Podzim)

IV110 Projekt z bioinformatiky (Bc.) (Podzim)

IV114 Projekt z bioinformatiky (Mgr.) (Podzim)

PA055 Vizualizace komplexnich dat (Podzim)

PB051 Vypocetni metody v bioinformatice a syst. biologii (Jaro)

Prednasejici a garant oboru bioinformatika: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultacni hodiny: Ct 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy

Supported by:

INFORMACE OBORU BIOINFORMATIKA

- 9.-11.6.2010 - Zaujemci o bezplatnu ucast na letnej skole v Brne s nazvom Structural Bioinformatics and Computational Biology, hlaste sa e-mailom u mna (M.Lexa) PROGRAM

- 20.4.2010 - Pozyvam vas na dnesne informaticke kolokvioum na FI MU, na ktorom bude prednasat
prof. RNDr. Jaroslav Koca, DrSC z Prirodovedeckej fakulty MU na temu
Chemie, vypocetni chemie, info-chemie - kdo vyhrava?
Zdravi J. Gruska

- 15.4.2010, 17:00 (Mendelovo muzeum Brno, Mendel Lectures 2009/2010)
Roland Kanaar: How DNA recombination maintains genome integrity.
INFO ML INFO RK

- 18.2.2010
Vazeni a mili,
dovoluji si vas oslovit s nabidkou predmetu jarniho semestru souvisejicich s tematem systemove biologie. Tem, kterym tento mail jiz dosel jinou cestou, se omlouvam. Soucasne velice vitam, kdyz tuto informaci rozsirite pripadnym dalsim zajemcum.
Momentalne muzete zapisovat nasledujici predmety:

PA054 Formalni modely v systemove biologii
------------------------------------------
Predmet podava prehled informatickych metod pro modelovani biologickych systemu. Zahrnuje Petriho site, boolovske site, procesove kalkuly, model checking a dalsi metody a pristupy, ktere lze uplatnit pro modelovani. Vysvetlena bude tez souvislost s tradicnimi matematickymi metodami. Predmet nahrazuje puvodni IV118, kdo tento predmet loni neabsolvoval, je vitan v PA054. V rozvrhu je zarazeno na patek 14:00 - 15:50.

PB051 Vypocetni metody v bioinformatice a systemove biologii
-------------------------------------------------------------
Predmet praktickeho zamereni postupne prochazejici oblastmi analyzy genovych sekvenci, rekonstrukce genovych regulacnich siti, tvorby modelu dynamiky a jejich simulace. Soucasti bude seznameni s relevantnimi nastroji. V rozvrhu zarazeno na utery 8:00 - 9:50 B130.

Preji stastny start do noveho semestru!
S pozdravem,
David Safranek
dawe@mail.muni.cz

- 4.12.2009 (A107, 16:00) The course "IV116 Applied bioinformatics: from proteins to function" will start on Dec4th (Fri) in A107 at 4PM. The lectures are open to anybody interested in the topic, regardless of registration status. To cite Dr. Ingo Ebersberger: "Of course everybody is welcome to attend the lecture. However, I will not talk much about general things, but rather will introduce briefly our research object of interest (Microsporidia) and will then continue with an introduction into molecular evolution, sequence alignment and inference of sequence homology. Still, the lectures are self contained and the practical exercises are just there to learn how the stuff we tell in the lecture is applied in bioinformatics research. So, it maybe of interest to the students anyway." So see you there!

- 3.3.2009 (D2, 14:00) Vazeni, pozyvam vas na dnesne informaticke kolokvium na ktorom bude prednasat Doc.ing. Petr Sosik PhD, Univerzita v Opave na temu "DNA computing - Quo vadis" Predaska bude v cestine prof.gruska

- 2.2.2009 - Objevilo se v e-mailu:
"Dear colleagues:
We are pleased to invite you to attend the seminar of Stefan Janecek: "Amino acid sequence fingerprints in divergent evolution of proteins" to be held on February 16th at 11.00 in the seminar room of A3 (ILBIT, Bohunice).
Have a nice weekend,
Lubos Janda and Jiri Damborsky

- 5.11.2008 Vsetkych zaujemcov o bioinformatiku pozyvam na prednasku "Alexandre de Brevern (Denis Diderot University a INSERM, Paris) - Local protein structure: how to go beyond the classical secondary structure ... and why", ktora by sa mala tykat predovsetkym strukturalnej abecedy proteinov. Prednaska sa kona 5.11.2008 o 15:00 v zasadacke FI (B517). POZVANKA ABSTRAKT

- 10.9.2008 Rozhovor o novom sposobe sekvenovania genomov (next generation sequencing) pouzitom na zistenie sekvencie genomu Dr. Jamesa Watsona LINK

- 10.9.2008 Casopis Genome Biology publikoval zbornik konferencie "The BioCreative II - Critical Assessment for Information Extraction in Biology Challenge" konanej v Madride 23-25 aprila 2007. Prispevky sa sustredili halvne na aplikaciu technik pocitacoveho spracovania prirodzeneho jazyka na vedecke texty.

- 9.9.2008 Nove stranky venovane bioinformatike - http://www.bioinformaticsworldwide.com/

- 8.9.2008 Kurz "IV116 - Applied bioinformatics: evolutionary relationships of genes and species" bude podobne ako minuly rok aj tento rok prebiehat blokovo na prelome novembra a decembra, prevazne v piatok a sobotu. Prednasa a cvici Dr. Ingo Ebersberger a dr. Greg Ewing z Viedenskej univerzity (http://www.cibiv.at). Ilustracne audio

- 4.6.2008 Inspiracia

- 4.6.2008 Organizatori europskeho kongresu bioinformatikov ECCB 2008 hladaju dobrovolnikov pre pomoc s organizaciou kongresu. Vybranym pomocnikom poskytnu financnu podporu, ubytovanie, stravu a tricko. Dalsie informacie najdete na http://www.eccb08.org/?pageId=254 - je to vyborny sposob ako sa trochu namocit do diania v tejto vednej discipline a vidiet na konci leta Sardiniu.

- 29.-31.5.2008 4. letna skola vypoctovej biologie (HTML, PDF).

- 8.5.2008 Prednaska Dr.J.Pacese na temu "Komparativni genomika lidskeho genomu" bude 12.5.2008 v 10:00 v Bohunicich. info

- 3.4.2008 Prednaska prof. Trifonova na temu "Tandem repeats and differentiation" sa bude konat 7.4.2008 o 10:00 na UKB, Kamenice 5, v seminarnej miestnosti budovy A3. Bioinformatika sa zaobera metodami pre detekciu tandemovych opakovani rozneho druhu. Z biologickeho hladiska su zaujimave ako miesta, kde DNA moze nadobudat nekonvencnu (nekanonicku) sekundarnu strukturu. Funkcia mnohych takychto sekvencii je neznama. info

- 3.4.2008 Program Informatickeho seminare dnes, 12:00 hod, ucebna A107: P. Benes: Computation of Tunnels in Protein Molecules based on Computational Geometry Abstract: Long-term research into the biochemical characteristics of protein molecules has the discovery, that the protein reactivity is closely related to the presence of tunnels leading from the protein surface to a biochemically relevant cavity inside the protein molecule. Our research concentrates on computation of these tunnels in static protein molecules and analysis of behaviour of tunnels in sequences of molecule snapshots in time. The methods we propose are based on computational geometry - the Voronoi diagram and the Delaunay triangulation in particular.

- 11.2.2008 Moznosti programu Erasmus V sucasnosti prebieha na fakulte vyber studentov na pobyty v zahranici v ramci programu Erasmus. Upozornujem na crtajucu sa moznost pre zaujemcov o bioinformatiku stravit semester na univerzite vo Viedni (AT) a Padove (IT) (az od roku 2009). Na uvedenych univerzitach sa studuje aj bioinformatika (kontaknymi osobami su Dr. Ingo Ebersberger a Prof. Giorgio Valle) a je moznost absolvovat vybrane bioinformaticke predmety alebo pracovat na projekte, ktory moze priamo alebo nepriamo suvisiet s bakalarskou alebo diplomovou pracou daneho studenta. Studenti, ktori budu vybrani a zvolia si bioinformaticku napln, by mali v pripade zvyseneho zaujmu o pobyt na tychto dvoch miestach prednost. Dohoda s Viednou je v stadiu podpisovania a je mozne sa o toto miesto uchadzat. Temy moznych projektov na riesenie vo Viedni sa objavia okrem ineho na tomto mieste. Podla mojich informacii sa program netyka studentov prvych rocnikov.

Oznam z PrF MU:
... dovolte, abych Vas informoval, ze v jarnim semestru probehnou (opet) 2 prednaskove kursy prof. Trifonova, Genetic Codes (Bi8960) a Early Molecular Evolution (Bi8970), tentokrat jiz jako radne predmety garantovane nasim pracovistem. Letos probehnou oproti lonskemu roku v podstatne rozsirenejsi podobe - kazdy kurs v trvani cca 10 pracovnich dnu, 1-2 prednasky denne. Prvni kurs - Genetic Codes - bude predbezne od 18. do 29. 2. 2008, druhy - Early Molecular Evolution - v dobe od 2. do 25. 4. 2008. Dalsi informace o predmetu naleznete v Informacnim systemu MU, zapsani studenti budou navic e-mailem informovani o upresneni terminu a mista konani prednasek. Predejte prosim tuto informaci Vasim studentum, event. dalsim zajemcum.
S pozdravem,
Jiri Fajkus

- 17.12.2007 Upozornujem na predmet, ktory by mohol zaujimat aj teoretickejsie zameranych studentov bioinformatiky (napr. L-systemy sa casto pouzivaju ako urcity model biologickych systemov); od prof. Kretinskeho: "Po urcite odmlce u nas bude v jarnim semestru 2008 opet prednaset prof.Rovan z UK Bratislava, a to konkretne predmet IA060 Parallel Grammars and Automata. Pracuje se tam mimo jine i s L-systemy atp (sylabus v ISu ci ve zlute knizce). Studenti by meli mit absolvovan bud kurs IB005 Formalni jazyky a automaty nebo jeho ekvivalent IB102 Gramatiky a automaty.

- 14.12.2007 Zacal vychadzat novy casopis "Biosemiotics", prve cislo obsahuje mnoho clankov, ktore mozu posluzit ako uvod do problematiky. Biosemiotika studuje zive systemy nie na urovni biologickych, fyzikalnych a chemickych procesov, ale chape procesy ako komunikaciu vo forme znakov a signalov, kde v danom systeme ma kazdy znak svoj vyznam a ostatne entity ho dokazu takto interpretovat. Biosemiotika chape geneticke sekvencie a napriklad ludsky jazyk, ako pribuzne fenomeny - prejav potreby zivych organizmov pouzivat kody rozneho druhu. Mnohi biologovia, ci bioinformatici maju rovnaky pohlad bez toho aby sa povazovali za semiotikov, niektori pouzivaju metody informacnej teorie a teorie komunikacie. Bude preto vyzvou pre tuto disciplinu ukazat, ci dokaze do otazky fungovania zivej hmoty priniest nielen novy, ale aj uzitocny uhol pohladu. Pripadne, ci sa k nej prihlasia niektori ludia, ktori sa v sucasnosti povazuju za bioinformatikov. Dost skody napachali v minulosti clanky a teorie z dielne semiotikov, ktore boli v priamom rozpore s uznavanymi biologickymi a genetickymi teoriami, pripadne vyslovene sarlatanske.

- 4.12.2007 9:00 sa uskutocni v poslucharni B204 na FI MU prednaska Dr. Ebersbergera na temu "Human genetic ancestry: When branches get short". Vsetci so zaujmom o tuto temu su vitani (prosim o pripadne zverejnenie letacku mimo FI).

- 8.11.2007 boli pridane dva knizne tituly tykajuce sa bioinformatiky na online kniznicu literatury pre MU. URL:http://proquest.safaribooksonline.com/ Kniha by mala byt pristupna z lubovolneho pocitaca fakulty, system by Vas mal automaticky rozoznat ako uzivatela MU. Naraz moze knihu citat 5 ludi. Pridane tituly su i) Bryan Bergeron: Bioinformatics Computing a ii) Jeff Augen: Bioinformatics in the Post-Genomic Era Genome, Transcriptome, Proteome, and Information-Based Medicine

- 25.9.2007 - Na poslednu chvilu sa nam podarilo vyuzit volne zdroje a zorganizovat novy predmet, ktory vhodne doplna obsah uciva bioinformatiky na fakulte. Budu ho vyucovat pedagogovia z viedenskej univerzity (Ingo Ebersberger, Arndt Von Haesseler) v ramci bloku vyuky na prelome Novembra a Decembra. Budeme sa snazit co najviac sklbit program s Vasimi rozvrhmi. Zapis bude mozny do 10.10. na studijnom oddeleni (vie o tom minimalne p.Korcekova), zaujemcov ale prosime o okamzity zapis, aby sme mali prehlad o zaujme. Predmet by mal byt zapocitatelny ako povinne volitelny v magisterskom studiu bioinformatiky, definitivne to oznamim neskor. Nazov je IV116 - Applied Bioinformatics: The evolutionary relationships of genes and species. Bude stavany pre siroke spektrum studentov, ci uz s informatickym alebo biologickym vzdelanim, predovsetkym magisterskeho a doktorskeho studia. Bakalari so zaujmom a problematiku fylogenetickych stromov a ich vztahu k sekvenciam genov su vitani. Je vhodne, aby studenti mali zakladne znalosti alebo aspon kladny vztah k molekularnej biologii alebo bioinformatike. Predmet bude obsahovat uvod k problematike, sucasne bioinformaticke problemy a prakticke cvicenia v pocitacovej ucebni. Pedagogovia vedu vo Viedni bioinformaticky tim, ktory v danej oblasti patri k spicke, zaroven vyucuju bioinformatiku na Viedenskej univerzite.

- Od pondeli 24.9. zahajuje nas seminar s tematem "Model Checking of Biological Systems" (viz http://www.fi.muni.cz/paradise). Jak jsme o tom mluvili, zkuste tuto informaci predat studentum Bioinformatiky a pokud budou mit nekteri zajem se zapojit, jsou vitani. Prof.Lubos Brim

- 10.9.2007 - jsme v stadiu rokovani s bioinformatickym pracovistem ve Vidni (CIBIV+UnivWien, prof. Arndt von Haeseler) o spolupraci ve vyuce i vyzkumu. Jednou z crtajicich se moznosti by bylo resit diplomovou (pripadne i bakalarskou) praci na tema zadane timto pracovistem s podporou grantu rakousko-ceske agentury, ci jinych prostredku. Pripadnym zajemcum doporucuji zajimat se o vyvoj situace a konkretni temata s predstihem, aby jste meli rezervu pro zazadani o prostredky. Vesmes by se jednalo o problematiku tvorby fylogenetickych stromu.

- 7.9.2007 - podzim 2007 je ostrym startem vyuky v oboru, pokud jako student narazite na nejake problemy ci nejasnosti v oblasti celkoveho harmonogramu studia, nebo budete mit jen tak cestu kolem, zastavte se prosim v kancelari garanta oboru C506 nebo poslete e-mail.

WWW adresy pro bioinformatiku