Cviceni - 20.10.2022

http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/

- Pouzite program mfold/UNAFold na predpovedanie sekundarnej struktury HHR
  (ribozym hammerhead).  Sekvencia je:
  GGACAAAGCAGGAGUGCCUGAGUAGUCUGGCCUUUUGUGUAGGCCAGUGUCC
  Porovnajte sekundarnu strukturu s terciarnou strukturou.

- Pre sekvenciu pouzitu v 1.bode predpovedal program mfold pri 
  beznom nastaveni dve struktury (ak nie, nastavte ho tymto sposobom).  
  Modifikujte sekvenciu co najmensim poctom 
  zmien, tak aby existovala len jedna energeticky vyhodna struktura
  Modifikujte sekvenciu co najmensim poctom 
  zmien, tak aby existovali aspon tri energeticky vyhodne struktury
  odovzdajte znazornenie sek.struktury povodne a po zmenach. 
  Zmeny zvyraznite.

- ## UKOL 5a (2b) ## Je dana sekvencia RNA GCAGCACCCAAAGGGAAUAUGGGAUACGCGUA. Vytvorte 
  predpovede sekundarnej struktury pomocou algoritmu Nussinovej
  (Okrem skriptov pre Perl a Python mozete pouzit program 
  rnaMaxNumBasePairs.c pripadne rnaSecStr.c na tejto adrese: 
  http://www.cs.bc.edu/~clote/ComputationalMolecularBiology/)

- ## UKOL 5b (1b) ## Porovnajte predpovedane struktury, pripadne struktury ziskane online (napr. https://rna.informatik.uni-freiburg.de/Teaching/index.jsp?toolName=Nussinov)  so strukturou, ktoru ziskate pomocou 
  programu mfold