| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/15:00083221 |
|---|
| Název v anglickém jazyce | Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models |
|---|
| Druh | D - Článek ve sborníku |
|---|
| Jazyk | eng - angličtina |
|---|
| Obor - skupina | I - Informatika |
|---|
| Obor | IN - Informatika |
|---|
| Rok uplatnění | 2015 |
|---|
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
|---|
| Počet výskytů výsledku | 1 |
|---|
| Počet tvůrců celkem | 3 |
|---|
| Počet domácích tvůrců | 3 |
|---|
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Luboš Brim (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6500773)
Juraj Nižnan (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9541985)
David Šafránek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8225400) |
|---|
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Traditional mathematical models of photosynthesis are based on mass action kinetics of light reactions. This approach requires the modeller to enumerate all the possible state combinations of the modelled chemical species. This leads to combinatorial explosion in the number of reactions although the structure of the model could be expressed more compactly. We explore the use of rule-based modelling, in particular, a simplified variant of Kappa, to compactly capture and automatically reduce existing mathematical models of photosynthesis. Finally, the reduction procedure is implemented in BioNetGen language and demonstrated on several ODE models of photosynthesis processes. |
|---|
| Klíčová slova oddělená středníkem | Biological models; model annotation; systems biology; simulation; database |
|---|
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
|---|
| DOI výsledku | 10.1016/j.entcs.2015.06.008 |
|---|