MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids (2015)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/15:00083057 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | I - Informatika |
| Obor | IN - Informatika |
| Rok uplatnění | 2015 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jan Byška (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2313871) Adam Jurčík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3622487) Eduard M. Gröller (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) Ivan Viola (státní příslušnost: SK - Slovenská republika) Barbora Kozlíková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5901332) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Studying the characteristics of proteins and their inner void space, including their geometry, physico-chemical properties and dynamics are instrumental for evaluating the reactivity of the protein with other small molecules. The analysis of long simulations of molecular dynamics produces a large number of voids which have to be further explored and evaluated. In this paper we propose three new methods: two of them convey important properties along the long axis of a selected void during molecular dynamics and one provides a comprehensive picture across the void. The first two proposed methods use a specific heat map to present two types of information: an overview of all detected tunnels in the dynamics and their bottleneck width and stability over time, and an overview of a specific tunnel in the dynamics showing the bottleneck position and changes of the tunnel length over time. These methods help to select a small subset of tunnels, which are explored individually and in detail. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | protein; tunnel; heat map; molecular dynamics |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1111/cgf.12612 |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Computer Graphics Forum |
|---|---|
| ISSN | 0167-7055 |
| Svazek periodika | 34 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 3 |
| Stát vydavatele periodika | CH - Švýcarská konfederace |
| Počet stran výsledku | 10 |
| Strana od-do | 1-10 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000358328200003 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2016 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/15:00083057!RIV16-MSM-14330___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 24.05.2016 |
| Kontrolní číslo | 191635786 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu 7A | 7AMB15AT018 - Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů (2015 - 2016) |
|---|---|
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |