Quantification of the 3D Collagen Network Geometry in Confocal Reflection Microscopy (2015)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/15:00080822 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Quantification of the 3D Collagen Network Geometry in Confocal Reflection Microscopy |
| Druh | D - Článek ve sborníku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | I - Informatika |
| Obor | IN - Informatika |
| Rok uplatnění | 2015 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 6 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Martin Maška (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9021094) Cristina Ederra (státní příslušnost: ES - Španělské království) Javier Fernández-Marqués (státní příslušnost: ES - Španělské království) Arrate Mu?oz-Barrutia (státní příslušnost: ES - Španělské království) Michal Kozubek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3021475) Carlos Ortiz-de-Solórzano (státní příslušnost: ES - Španělské království) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The geometry of 3D collagen networks is a key factor that influences the behavior of live cells within extracellular matrices. This paper presents a hybrid, two-step method for fully automatic quantification of the 3D collagen network geometry at fiber resolution in confocal reflection microscopy images. First, a coarse binary mask of the entire network is obtained using steerable filtering and local Otsu thresholding. Second, individual collagen fibers are reconstructed by~tracing maximum ridges in theEuclidean distance map of the binary mask. The proposed method, validated in a novel framework using 3D collagen gels with various collagen and Matrigel concentrations, reveal that Matrigel affects the collagen network geometry by decreasing the networkpore size while preserving the fiber length and fiber persistence length. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | collagen network geometry; confocal reflection microscopy; Matrigel; steerable filtering; pore size |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1109/ICIP.2015.7351109 |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název sborníku | 22nd IEEE International Conference on Image Processing |
|---|---|
| ISBN | 9781479983391 |
| ISSN | 1522-4880 |
| Počet stran výsledku | 4 |
| Strana od-do | 1791-1794 |
| Název nakladatele | IEEE |
| Místo vydání | Québec City |
| Místo konání akce | Québec City |
| Datum konání akce | 27.09.2015 |
| Typ akce podle státní příslušnosti účastníků | WRD - Celosvětová |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2016 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/15:00080822!RIV16-MSM-14330___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 24.05.2016 |
| Kontrolní číslo | 191635769 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2016 | RIV/00216224:14330/15:00080822 v dodávce dat RIV16-GA0-14330___/01:1 |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EE | EE2.3.30.0009 - Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci (2012 - 2015) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP302/12/G157 - Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii (2012 - 2018) |