| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/15:00080777 |
|---|
| Název v anglickém jazyce | Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins |
|---|
| Druh | D - Článek ve sborníku |
|---|
| Jazyk | eng - angličtina |
|---|
| Obor - skupina | I - Informatika |
|---|
| Obor | IN - Informatika |
|---|
| Rok uplatnění | 2015 |
|---|
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
|---|
| Počet výskytů výsledku | 2 |
|---|
| Počet tvůrců celkem | 4 |
|---|
| Počet domácích tvůrců | 4 |
|---|
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Adam Jurčík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3622487)
Jan Byška (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2313871)
Jiří Sochor (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7676239)
Barbora Kozlíková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5901332) |
|---|
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Structural properties of proteins substantially influence their reactivity. Thus, the presence of pathways serving for transportation of a small molecule to the protein active site is crucial. These pathways, called tunnels, are defined by their surroundings --- tunnel lining amino acids (or residues). In consequence, studying these amino acids and their properties is tightly connected with protein reactivity. The set of tunnel lining amino acids detected for a given tunnel can differ with respect to selected algorithm for their computation. The criteria for evaluating their biochemical relevance are different as well, as they can depend on various physico-chemical properties. In this paper we firstly present a novel approach to the detection of tunnellining amino acids. This approach is more robust in comparison with the existing methods. It is based on the visibility of atoms of the amino acids from the tunnel surface, often derived from the Voronoi diagram. |
|---|
| Klíčová slova oddělená středníkem | protein; tunnel; Voronoi diagram; visibility; space rasterization |
|---|
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
|---|
| DOI výsledku | 10.1145/2788539.2788548 |
|---|