Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations (2014)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/14:00076224 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations |
| Druh | D - Článek ve sborníku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | I - Informatika |
| Obor | IN - Informatika |
| Rok uplatnění | 2014 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 5 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Barbora Kozlíková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5901332) Adam Jurčík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3622487) Jan Byška (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2313871) Ondřej Strnad (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6875017) Jiří Sochor (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7676239) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Analysis and visualization of molecules and their structural features help biochemists and biologists to better understand protein behavior. Studying these structures in molecular dynamics simulations enhances this understanding. In this paper we introduce three approaches for animating specific inner pathways composed of an empty space between atoms, called tunnels. These tunnels facilitate the transport of small molecules, water solvent and ions in many proteins. They help researchers understand the structure-function relationships of proteins and the knowledge of tunnel properties improves the design of new inhibitors. Our methods are derived from selected tunnel representations when each stresses some of the important tunnel properties - width, shape, mapping of physico-chemical properties, etc. Our methods provide smooth animation of the movement of tunnels as they change their length and shape throughout the simulation. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | protein; visualization; tunnel; animation; Voronoi diagram; Delaunay triangulation |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název sborníku | EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine |
|---|---|
| ISBN | 9783905674620 |
| ISSN | 2070-5778 |
| Počet stran výsledku | 10 |
| Strana od-do | 97-106 |
| Název nakladatele | Eurographics Association |
| Místo vydání | Postfach, Germany |
| Místo konání akce | Vienna |
| Datum konání akce | 03.09.2014 |
| Typ akce podle státní příslušnosti účastníků | WRD - Celosvětová |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2015 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/14:00076224!RIV15-MSM-14330___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 29.05.2015 |
| Kontrolní číslo | 152393961 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |
|---|