| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/11:00049804 |
|---|
| Název v anglickém jazyce | Computation of Dynamic Channels in Proteins |
|---|
| Druh | D - Článek ve sborníku |
|---|
| Jazyk | eng - angličtina |
|---|
| Obor - skupina | I - Informatika |
|---|
| Obor | IN - Informatika |
|---|
| Rok uplatnění | 2011 |
|---|
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
|---|
| Počet výskytů výsledku | 2 |
|---|
| Počet tvůrců celkem | 4 |
|---|
| Počet domácích tvůrců | 4 |
|---|
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Petr Beneš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5531292)
Petr Medek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1116304)
Ondřej Strnad (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6875017)
Jiří Sochor (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7676239) |
|---|
| Popis výsledku v anglickém jazyce | In this paper, we propose a new method which considers the movement of a protein molecule as a whole for the computation of so called dynamic channels in a molecular dynamics trajectory. The method is based on maximizing the information about the empty space over time and is built on basic computational geometry principles. The dynamic channels highlight pulsing and flexible parts of the molecule. It is believed that such parts allow a ligand to pass into or out from the active site. The method was tested on real protein data and the results indicate that it presents new information about the molecule. |
|---|
| Klíčová slova oddělená středníkem | protein; dynamic channel; molecule; trajectory; computational geometry |
|---|
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
|---|