V tomto typu sdíleného programu jsou doktorandi řádnými studenty na FIMU a zároveň na zahraniční univerzitě, přičemž jejich konzultanti/školitelé jsou z obou univerzit. Obhajoba doktorandské práce probíhá před smíšenou zkušební komisí a jako taková je uznána oběma univerzitami. Na jaře 2007 na FI ukončil takovéto studium první student - Fabrizio Falchi, Univeristy of Pisa, Itálie.

Doktorát pod dvojím vedením ve Francii

Francouzské velvyslanectví v ČR nabízí českým studentům možnost získat stipendium francouzské vlády na studia doktorské úrovně ve Francii ve všech vědeckých oborech. Studijní stipendia mohou získat ti čeští studenti, kteří mají nebo před odjezdem na studia do Francie získají diplom o ukončeném magisterském vysokoškolském vzdělání (diplom Ing. nebo Mgr.).
Doktorát pod dvojím vedením se připravuje současně na české a francouzské univerzitě a po jeho ukončení obdrží student diplom uznávaný oběma univerzitami. Výzkumná práce probíhá pod společným vedením jednoho českého a jednoho francouzského vědce/školitele. Po dobu tří let stráví doktorand šest měsíců v každém roce střídavě na jedné z univerzit. Během těchto tří půlročních pobytů pobírá doktorand stipendium francouzské vlády.
Stipendia na doktorát pod dvojím vedením jsou určena i studentům nefrankofonním, ale pod podmínkou, že žadatel o stipendium získá písemný souhlas francouzské univerzity nebo instituce s výukou nebo programem stáže v angličtině. V tomto případě pak mohou být dokumenty nutné pro podání žádosti o stipendium napsány v angličtině a rovněž prezentace projektu před výběrovou komisí může být přednesena v angličtině. Uzávěrka podávání žádostí o stipendia je 1. březen 2007.